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万見
- PDB-1jaj: Solution Structure of DNA Polymerase X from the African Swine Fev... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jaj
タイトルSolution Structure of DNA Polymerase X from the African Swine Fever Virus
要素DNA POLYMERASE BETA-LIKE PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / Cis peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via nonhomologous end joining / virion component / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb ...Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Repair DNA polymerase X
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics energy minimization
データ登録者Maciejewski, M.W. / Shin, R. / Pan, B. / Mullen, G.P.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution structure of a viral DNA repair polymerase.
著者: Maciejewski, M.W. / Shin, R. / Pan, B. / Marintchev, A. / Denninger, A.
#1: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2001
タイトル: 1H, 15N, and 13C Resonance Assignments for a 20 kDa DNA Polymerase from African Swine Fever Virus
著者: Maciejewski, M.W. / Pan, B. / Shin, R. / Denninger, A. / Mullen, G.P.
履歴
登録2001年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年2月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_software / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_mon_prot_cis
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_representative.conformer_id / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num / _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE BETA-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3511
ポリマ－20,3511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE BETA-LIKE PROTEIN


分子量: 20351.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
属: Asfivirus / 株: BA71V / 遺伝子: O174L / プラスミド: pET23a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42494

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2123D 13C-separated NOESY
3233D 15N-separated NOESY
333HNHA
4442D NOESY
NMR実験の詳細Text: Talos was used in conjunction with backbone resonance assignments to generate angle constraints.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM DNA Polymerase X U-15N,13C; 500 mM NaCl; 20 mM PIPES (pH 6.5); 10 mM DTT; 0.5 mM AEBSF; 0.02% sodium azide90% H2O/10% D2O
21.0 mM DNA Polymerase X U-15N,13C; 500 mM NaCl; 20 mM PIPES (pH 6.5); 10 mM DTT; 0.5 mM AEBSF; 0.02% sodium azide100% D2O
31.0 mM DNA Polymerase X U-15N; 500 mM NaCl; 20 mM PIPES (pH 6.5); 10 mM DTT; 0.5 mM AEBSF; 0.02% sodium azide90% H2O/10% D2O
41.0 mM DNA Polymerase X; 500 mM NaCl; 20 mM PIPES (pH 6.5); 10 mM DTT; 0.5 mM AEBSF; 0.02% sodium azide100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1500 mM 6.5ambient 298 K
2500 mM 6.5ambient 298 K
3500 mM 6.5ambient 298 K
4500 mM 6.5ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1BVarian, Inc.collection
NMRPipe1.8Delaglio解析
XEASY1.13Bartlesデータ解析
DYANA1.5Guentert構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics energy minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: 200 random strucutres were calculated within Dyana. The 50 with the lowest target function were refined in xplor with energy minimization and the 25 with the lowest energy in xplor were selected for deposition.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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