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万見
- PDB-1j9i: STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAIN OF THE GPNU1 SUBUNIT OF LAMBD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j9i
タイトルSTRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAIN OF THE GPNU1 SUBUNIT OF LAMBDA TERMINASE
要素TERMINASE SMALL SUBUNIT
キーワードVIRAL PROTEIN / DNA BINDING DOMAIN / HOMODIMER / VIRAL ASSEMBLY / LAMBDA / WINGED HELIX-TURN-HELIX / TERMINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral terminase, small subunit / sequence-specific DNA binding, bending / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage lambda, Nu1, terminase small subunit / Phage DNA packaging protein Nu1 / Putative DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者De Beer, T. / Meyer, J. / Ortega, M. / Yang, Q. / Maes, L. / Duffy, C. / Berton, N. / Sippy, J. / Overduin, M. / Feiss, M. / Catalano, C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Insights into specific DNA recognition during the assembly of a viral genome packaging machine.
著者: de Beer, T. / Fang, J. / Ortega, M. / Yang, Q. / Maes, L. / Duffy, C. / Berton, N. / Sippy, J. / Overduin, M. / Feiss, M. / Catalano, C.E.
履歴
登録2001年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TERMINASE SMALL SUBUNIT
B: TERMINASE SMALL SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6382
ポリマ－15,6382
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TERMINASE SMALL SUBUNIT / DNA PACKAGING PROTEIN NU1 / GPNU1 DBD


分子量: 7818.768 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-68 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 遺伝子: NU1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03707

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D NOESY
1333D 15N-separated NOESY
143HNHA
1543D 13C-separated NOESY
1644D 13C-separated NOESY
1753D 13C-separated NOESY
1862D half-filtered 13C/15N NOESY
NMR実験の詳細Text: mixing times were 50 or 100 ms

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM homonuclear gpNu1 DBD90% H2O/10% D2O
21 mM homonuclear gpNu1 DBD99.99 % D2O
31 mM {15N} gpNu1 DBD90% H2O/10% D2O
41 mM {13C,15N} gpNu1 DBD99.99 % D2O
51 mM {13C,15N} gpNu1 DBD90% H2O/10% D2O
61 mM 50%/50% {13C,15N} gpNu1 DBD/{12C,14N}gpNu1 DBD90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM deuterated TRIS / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 298.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1Delaglio et al.解析
NMRView5Johnson et al.データ解析
PIPP1Garrett et al.データ解析
X-PLOR3.851BRUNGER ET AL.構造決定
X-PLOR3.851BRUNGER ET AL.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE R-6 SUMMATION METHOD WAS USED WITHIN A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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