ソフトウェア 名称 : CNS / バージョン : 1 / 分類 : 精密化精密化 構造決定の手法 : MAD at the Se edge / 解像度 : 1.8→31.63 Å / Rfactor Rfree error : 0.006 / Data cutoff high absF : 304622.07 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 1 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.242 1489 5 % RANDOM Rwork 0.22 - - - obs 0.22 29766 91 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 52.54 Å2 / ksol : 0.357 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 30.1 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.29 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 14.53 Å2 0 Å2 3- - - -13.24 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.27 Å 0.25 Å Luzzati d res low - 6 Å Luzzati sigma a 0.45 Å 0.45 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.8→31.63 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1605 0 48 182 1835
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.01 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.6 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d26.9 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.94 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.25 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it1.76 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it2.15 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it3.07 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error : 0.028 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.422 226 5.4 % Rwork 0.398 3990 - obs - - 78.7 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 TETRA2.PARAMTETRA.TOPOX-RAY DIFFRACTION 3 WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア *PLUS
バージョン : 1 / 分類 : refinement精密化 *PLUS
σ(F) : 1 / % reflection Rfree : 5 % / Rfactor obs : 0.22 / Rfactor Rwork : 0.22 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
Biso mean : 30.1 Å2 拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.6 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg26.9 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.94 X-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.25 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it2.15 2 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it1.76 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it3.07 2.5
LS精密化 シェル *PLUS
Rfactor Rfree : 0.422 / % reflection Rfree : 5.4 % / Rfactor Rwork : 0.398