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- PDB-1j7x: CRYSTAL STRUCTURE OF A FUNCTIONAL UNIT OF INTERPHOTORECEPTOR RETI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j7x
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A FUNCTIONAL UNIT OF INTERPHOTORECEPTOR RETINOID-BINDING PROTEIN (IRBP)
要素INTERPHOTORECEPTOR RETINOID-BINDING PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta beta alpha spiral
機能・相同性
機能・相同性情報


cone matrix sheath / retinol binding / serine-type peptidase activity / proteolysis / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of Peptidase_S41 in eukaryotic IRBP / Transcription Regulator spoIIAA - #44 / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / Transcription Regulator spoIIAA / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex ...N-terminal domain of Peptidase_S41 in eukaryotic IRBP / Transcription Regulator spoIIAA - #44 / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / Transcription Regulator spoIIAA / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinol-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Loew, A. / Gonzalez-Fernandez, F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the functional unit of interphotoreceptor retinoid binding protein.
著者: Loew, A. / Gonzalez-Fernandez, F.
履歴
登録2001年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERPHOTORECEPTOR RETINOID-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5101
ポリマ－33,5101
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.144, 65.756, 68.174
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 INTERPHOTORECEPTOR RETINOID-BINDING PROTEIN / IRBP


分子量: 33510.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pThioHis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP 10 / 参照: UniProt: Q7SZI7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, TRIS, magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
2200 mM1reservoirMgCl2
320 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS F210.9777,0.9790,0.9793
シンクロトロンCHESS A120.909
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年10月10日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年6月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)MADMx-ray1
2Si 111Mx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97771
20.9791
30.97931
40.9091
反射解像度: 1.8→19.25 Å / Num. all: 26579 / Num. obs: 26579 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 34.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVEV1.17位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1353 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.2069 26579 --
obs0.2069 25564 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2340 0 0 145 2485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0321.777
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.9462.899
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.8994.244
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.7775.93
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.84 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.345 103
Rwork0.299 -
obs-1832
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.206 / Rfactor Rfree: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 27.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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