PDB-1j70: CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST ATP SULFURYLASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1j70

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST ATP SULFURYLASE

要素

ATP SULPHURYLASE

キーワード

TRANSFERASE / nucleotide binding fold and kinase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfur amino acid metabolic process / sulfate assimilation via adenylyl sulfate reduction / sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / sulfate adenylyltransferase / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / hydrogen sulfide biosynthetic process / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Lalor, D.J. / Schnyder, T. / Saridakis, V. / Pilloff, D.E. / Dong, A. / Tang, H. / Leyh, T.S. / Pai, E.F.

引用

ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2003
タイトル: Structural and functional analysis of a truncated form of Saccharomyces cerevisiae ATP sulfurylase: C-terminal domain essential for oligomer formation but not for activity.
著者: Lalor, D.J. / Schnyder, T. / Saridakis, V. / Pilloff, D.E. / Dong, A. / Tang, H. / Leyh, T.S. / Pai, E.F.

履歴

登録	2001年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1j70.cif.gz	320.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1j70.ent.gz	260 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1j70.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1j70_validation.pdf.gz	398.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1j70_full_validation.pdf.gz	435.1 KB	表示
XML形式データ	1j70_validation.xml.gz	33.9 KB	表示
CIF形式データ	1j70_validation.cif.gz	53.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/1j70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/1j70	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r6xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jec-1 1g8g-1 1g8h-1 1g8f-1 1jed-1 1jee-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (9)

登録構造単位

A: ATP SULPHURYLASE

B: ATP SULPHURYLASE

C: ATP SULPHURYLASE

ヘテロ分子

175 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP SULPHURYLASE

B: ATP SULPHURYLASE

ヘテロ分子

A: ATP SULPHURYLASE

B: ATP SULPHURYLASE

ヘテロ分子

A: ATP SULPHURYLASE

B: ATP SULPHURYLASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
349 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ATP SULPHURYLASE

ヘテロ分子

x 6

登録者が定義した集合体
349 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	5_556	x-y,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_556	-x,-x+y,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	230.850, 230.850, 69.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	ATP SULPHURYLASE / SULFATE ADENYLATE TRANSFERASE / SAT / ATP-SULFURYLASE 分子量: 58074.516 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pSULF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (Gold) DE3 / 参照: UniProt: P08536, sulfate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.01 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4% PEG 6000, 1.8 M LiCl, 50 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	4 %	PEG6000	1	reservoir
2	1.8 M		1	reservoir	LiCl
3	50 mM	HEPES	1	reservoir		pH7.0
4	20 %	glycerol	1	reservoir
5	30-40 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	14-BM-C	1	1
シンクロトロン	APS	14-BM-D	2

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2000年7月2日
ADSC QUANTUM 1	2	CCD	2000年2月24日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 353865 / Num. obs: 91000 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 2189 / Observed criterion σ(I): 166 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 21.4 Å² / R_sym value: 0.73 / Net I/σ(I): 13.2

反射シェル

解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique all: 8242 / R_sym value: 0.461 / % possible all: 87.8

反射

*PLUS

最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 73134 / % possible obs: 98.7 % / Num. measured all: 224134 / R_merge(I) obs: 0.069

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 99.2 % / R_merge(I) obs: 0.196

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
CNS	0.9	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.84 Å / R_factor R_free error: 0.004 / Data cutoff high absF: 296848.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	5205	6 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.21	86687	91.8 %	-
all	-	353865	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 32.18 Å² / k_sol: 0.331 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.78 Å²	4.22 Å²	0 Å²
2-	-	2.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.55 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.37 Å	0.3 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.41 Å	0.38 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12269	0	18	545	12832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.9
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	4.71	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	7.5	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	7.14	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	10.71	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.44 Å / R_factor R_free error: 0.01 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	1188	10 %
R_work	0.32	10739	-
obs	-	-	76.4 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION	5	CIS_PEPTIDE.PARAM	CIS_PEPTIDE.TOP

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.5 Å / R_factor R_free: 0.265 / R_factor R_work: 0.211

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	15.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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