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万見
- PDB-1j5i: Solution Structure of a Novel Chromoprotein Derived from Apo-Neoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j5i
タイトルSolution Structure of a Novel Chromoprotein Derived from Apo-Neocarzinostatin and a Synthetic Chromophore
要素PROTEIN (Apo-Neocarzinostatin)
キーワードANTIBIOTIC (抗生物質) / Beta sandwich / IgG fold / Chromophore (発色団) / ligand (リガンド)
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to bacterium / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Neocarzinostatin-like / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin-like / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NCZ / ネオカルジノスタチン
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces carzinostaticus (バクテリア)
手法溶液NMR / Simulated annealing with torsion angle dynamics
データ登録者Urbaniak, M.D. / Muskett, F.W. / Finucane, M.D. / Caddick, S. / Woolfson, D.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Solution Structure of a Novel Chromoprotein Derived from Apo-Neocarzinostatin and a Synthetic Chromophore
著者: Urbaniak, M.D. / Muskett, F.W. / Finucane, M.D. / Caddick, S. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2002年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (Apo-Neocarzinostatin)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5582
ポリマ－12,2271
非ポリマー3301
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)44 / 100structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (Apo-Neocarzinostatin) / NCS / MITOMALCIN / MMC


分子量: 12227.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces carzinostaticus (バクテリア)
プラスミド: pCANTABB5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3R9
#2: 化合物 ChemComp-NCZ / 2-HYDROXY-7-METHOXY-5-METHYL-NAPHTHALENE-1-CARBOXYLIC ACID MESO-2,5-DIHYDROXY-CYCLOPENT-3-ENYL ESTER / 2-ヒドロキシ-5-メチル-7-メトキシ-1-ナフトエ酸2α,5α-ジヒドロキシ-3-シクロペンテン-1β-イル


分子量: 330.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18O6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-1H-15N TOCSY
1213D 1H-1H-15N NOESY
1313D HNHA
1413D HNHB
1512D 1H-15N HSQC
1612D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.0 mM u-15N 1, 1.0 mM 2, 25 mM phosphate pH 5.0, 0.1 mM TSP, 0.005% sodium azide w/v
溶媒系: 80% H2O 10% D2O 10% d4-MeOH
試料状態イオン強度: 25 mM sodium phosphate / pH: 5.0 / 圧: ambient / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1cVariancollection
NMRPipesgi6xDelaglio, F., Grzesiek, S., Vuister, G. W., Zhu, G., Pfeifer, J., and Bax, A.解析
XEASY1.3.13Bartels, C., Xia, T. H., Billeter, M., Guntert, P., and Wurthrich, K.analysis
DYANAGuntert, Mumenthaler, Wurthrich精密化
精密化手法: Simulated annealing with torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: RESTRAINTS FOR STRUCTURE CALCULATION: INTERMOLECULAR NOES 20, INTRARESIDUE NOES 173, SEQUENTIAL NOES (I, I + 1) 227, MEDIUM-RANGE NOES (I, I+2 - I+4) 115, LONG-RANGE NOES (I, I>5) 295, PSI ...詳細: RESTRAINTS FOR STRUCTURE CALCULATION: INTERMOLECULAR NOES 20, INTRARESIDUE NOES 173, SEQUENTIAL NOES (I, I + 1) 227, MEDIUM-RANGE NOES (I, I+2 - I+4) 115, LONG-RANGE NOES (I, I>5) 295, PSI ANGLE RESTRAINTS 39, HYDROGEN BONDS 74, DISULPHIDE BONDS 12.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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