+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j5i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution Structure of a Novel Chromoprotein Derived from Apo-Neocarzinostatin and a Synthetic Chromophore | ||||||
![]() | PROTEIN (Apo-Neocarzinostatin) | ||||||
![]() | ANTIBIOTIC / Beta sandwich / IgG fold / Chromophore / ligand | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / Simulated annealing with torsion angle dynamics | ||||||
![]() | Urbaniak, M.D. / Muskett, F.W. / Finucane, M.D. / Caddick, S. / Woolfson, D.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution Structure of a Novel Chromoprotein Derived from Apo-Neocarzinostatin and a Synthetic Chromophore 著者: Urbaniak, M.D. / Muskett, F.W. / Finucane, M.D. / Caddick, S. / Woolfson, D.N. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 902.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 187.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 213.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1j5hC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12227.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pCANTABB5 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NCZ / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-
試料調製
詳細 | 内容: 1.0 mM u-15N 1, 1.0 mM 2, 25 mM phosphate pH 5.0, 0.1 mM TSP, 0.005% sodium azide w/v 溶媒系: 80% H2O 10% D2O 10% d4-MeOH |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 25 mM sodium phosphate / pH: 5.0 / 圧: ambient / 温度: 308 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-
解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: Simulated annealing with torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: RESTRAINTS FOR STRUCTURE CALCULATION: INTERMOLECULAR NOES 20, INTRARESIDUE NOES 173, SEQUENTIAL NOES (I, I + 1) 227, MEDIUM-RANGE NOES (I, I+2 - I+4) 115, LONG-RANGE NOES (I, I>5) 295, PSI ...詳細: RESTRAINTS FOR STRUCTURE CALCULATION: INTERMOLECULAR NOES 20, INTRARESIDUE NOES 173, SEQUENTIAL NOES (I, I + 1) 227, MEDIUM-RANGE NOES (I, I+2 - I+4) 115, LONG-RANGE NOES (I, I>5) 295, PSI ANGLE RESTRAINTS 39, HYDROGEN BONDS 74, DISULPHIDE BONDS 12. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 44 |