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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j2y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the type II 3-dehydroquinase | ||||||
![]() | 3-dehydroquinate dehydratase | ||||||
![]() | LYASE / 3-dehydroquinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, B.I. / Kwak, J.E. / Suh, S.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the type II 3-dehydroquinase from Helicobacter pylori 著者: Lee, B.I. / Kwak, J.E. / Suh, S.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12||||||||
単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is dodecamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: z, x-1, y+1 and y+1,z-1,x and -x+2, y, -z+2 and -y+1, z-1, -x+2 and -z+2,x-1,-y+1 and -z+2, -x+1, y+1 and -y+1,-z+1,x and -x+2,-y,z and y+1, -z+1, -x+2 and x, -y, -z+2 and z,-x+1, -y+1 and |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18499.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-DQA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: PEG 4000, sodium cholride, sodium citrate, EDTA, 2-mercaptoethanol, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
結晶化 | *PLUS 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Kwak, J.E., (2001) Acta Crystallogr., D57, 279. |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 20 mg/ml / 一般名: protein |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→44 Å / Num. all: 6146 / Num. obs: 6146 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 38 % / Biso Wilson estimate: 53.5 Å2 / Rsym value: 0.086 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / Rsym value: 0.484 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2DHQ 解像度: 2.6→19.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 160671.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.0261 Å2 / ksol: 0.311869 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å |