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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j2t | ||||||
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タイトル | Creatininase Mn | ||||||
要素 | creatinine amidohydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / creatinine / creatine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 creatininase / creatininase activity / creatinine catabolic process / creatine biosynthetic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / riboflavin biosynthetic process / manganese ion binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Yoshimoto, T. / Tanaka, N. / Kanada, N. / Inoue, T. / Nakajima, Y. / Haratake, M. / Nakamura, K.T. / Xu, Y. / Ito, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Crystal structures of creatininase reveal the substrate binding site and provide an insight into the catalytic mechanism 著者: Yoshimoto, T. / Tanaka, N. / Kanada, N. / Inoue, T. / Nakajima, Y. / Haratake, M. / Nakamura, K.T. / Xu, Y. / Ito, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j2t.cif.gz | 331.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j2t.ent.gz | 268.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j2t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1j2t_validation.pdf.gz | 411.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1j2t_full_validation.pdf.gz | 425.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1j2t_validation.xml.gz | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1j2t_validation.cif.gz | 52.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j2t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer. Six subunits (one hexamer) exist in an asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28598.789 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / プラスミド: pBluescript KS(-) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: P83772, creatininase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.11 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.5M Li sulfate, 0.1M Na HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 237380 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / % possible all: 99.5 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.821 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.765 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 40 Å / Rfactor Rfree: 0.191 / Rfactor Rwork: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.251 |