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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1j2t | ||||||
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Title | Creatininase Mn | ||||||
![]() | creatinine amidohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / creatinine / creatine | ||||||
Function / homology | ![]() creatininase / creatininase activity / creatinine catabolic process / creatine biosynthetic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / riboflavin biosynthetic process / manganese ion binding / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yoshimoto, T. / Tanaka, N. / Kanada, N. / Inoue, T. / Nakajima, Y. / Haratake, M. / Nakamura, K.T. / Xu, Y. / Ito, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structures of creatininase reveal the substrate binding site and provide an insight into the catalytic mechanism Authors: Yoshimoto, T. / Tanaka, N. / Kanada, N. / Inoue, T. / Nakajima, Y. / Haratake, M. / Nakamura, K.T. / Xu, Y. / Ito, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 331.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 268.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a hexamer. Six subunits (one hexamer) exist in an asymmetric unit. |
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Components
#1: Protein | Mass: 28598.789 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.74 Å3/Da / Density % sol: 67.11 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 1.5M Li sulfate, 0.1M Na HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Jun 1, 2002 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→40 Å / Num. obs: 237380 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 7.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / % possible all: 99.5 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 99.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.765 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.8 Å / Lowest resolution: 40 Å / Rfactor Rfree: 0.191 / Rfactor Rwork: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.251 |