ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→21.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1149962.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.218 | 1439 | 10.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.178 | - | - | - |
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all | 0.178 | - | - | - |
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obs | 0.178 | 14178 | 99.7 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.5761 Å2 / ksol: 0.451101 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.2 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.41 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 1.15 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.26 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.19 Å | 0.16 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | - | -0.07 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→21.48 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 778 | 0 | 0 | 129 | 907 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.02 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.2 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2 | 212 | 9.1 % |
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Rwork | 0.172 | 2110 | - |
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obs | - | - | 100 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAM | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / % reflection Rfree: 10 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg24.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.2 | | | | |
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