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- PDB-1j1w: Crystal Structure Of The Monomeric Isocitrate Dehydrogenase In Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j1w
タイトルCrystal Structure Of The Monomeric Isocitrate Dehydrogenase In Complex With NADP+
要素Isocitrate Dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Greek key motif
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric / Monomeric isocitrate dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Isocitrate dehydrogenase [NADP]
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yasutake, Y. / Watanabe, S. / Yao, M. / Takada, Y. / Fukunaga, N. / Tanaka, I.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Monomeric Isocitrate Dehydrogenase in the Presence of NADP+
著者: Yasutake, Y. / Watanabe, S. / Yao, M. / Takada, Y. / Fukunaga, N. / Tanaka, I.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structure of the Monomeric Isocitrate Dehydrogenase: Evidence of a Protein Monomerization by a Domain Duplication
著者: Yasutake, Y. / Watanabe, S. / Yao, M. / Takada, Y. / Fukunaga, N. / Tanaka, I.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of monomeric isocitrate dehydrogenase by the MAD method using Mn atoms
著者: Yasutake, Y. / Watanabe, S. / Yao, M. / Takada, Y. / Fukunaga, N. / Tanaka, I.
履歴
登録2002年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate Dehydrogenase
B: Isocitrate Dehydrogenase
C: Isocitrate Dehydrogenase
D: Isocitrate Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,0048
ポリマ－322,0314
非ポリマー2,9744
水8,017445
1
A: Isocitrate Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2512
ポリマ－80,5081
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isocitrate Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2512
ポリマ－80,5081
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Isocitrate Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2512
ポリマ－80,5081
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Isocitrate Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2512
ポリマ－80,5081
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.496, 110.407, 133.698
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.156, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Isocitrate Dehydrogenase


分子量: 80507.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: IAM1078 / 参照: UniProt: P16100, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 6000, HEPES-NaOH, CaCl2, NADP+, Isocitrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
18 mg/mlprotein1drop
2100 mMHEPES-NaOH1droppH7.0
310 %(v/v)glycerol1drop
4100 mMHEPES-NaOH1reservoirpH7.0
524-28 %(w/v)PEG60001reservoir
620 %(v/v)glycerol1reservoir
71-10 mM2R, 3S-isocitrate1reservoir
81-10 mM1reservoirCaCl2
91-10 mMbeta-NADP+1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月8日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. all: 57614 / Num. obs: 52458 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 55.7 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7347 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 92.8
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 178630 / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / % possible obs: 92.8 % / Rmerge(I) obs: 0.385

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ITW

1itw


解像度: 3.2→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 4645 9.9 %RANDOM
Rwork0.26 ---
all-50708 --
obs-46930 88.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: throughout / Bsol: 36.4 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.59 Å20 Å20.949 Å2
2---17.439 Å20 Å2
3---21.029 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22544 0 192 445 23181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008059
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.52682
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.13408
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98993
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.84
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.03
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 351 9.4 %
Rwork0.333 3372 -
obs-3723 70.6 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0081
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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