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万見
- PDB-1j1s: Pokeweed Antiviral Protein from Seeds (PAP-S1) Complexed with Formycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j1s
タイトルPokeweed Antiviral Protein from Seeds (PAP-S1) Complexed with Formycin
要素Antiviral Protein S
キーワードHYDROLASE / POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN / N-GLYCOSIDASE / RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / defense response to virus / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMYCIN-5'-MONOPHOSPHATE / Antiviral protein S
類似検索 - 構成要素
生物種Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Watanabe, K. / Sato, E. / Honjo, E. / Motoshima, H. / Kurokawa, H. / Mikami, B. / Monzingo, A.F. / Robertus, J.D. / Fujii, H. / Hidaka, A.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Pokweed Antiviral Protein from Seeds (PAP-S1) at 1.8 Angstrom Resolution
著者: Watanabe, K. / Sato, E. / Honjo, E. / Motoshima, H. / Kurokawa, H. / Mikami, B. / Monzingo, A.F. / Robertus, J.D. / Fujii, H. / Hidaka, A.
履歴
登録2002年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antiviral Protein S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8033
ポリマ－29,2341
非ポリマー5682
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.100, 85.300, 92.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-456-

HOH

21A-457-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Antiviral Protein S / Pokeweed Antiviral Protein / PAP-S1 / N-Glycosidase


分子量: 29234.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ)
組織: seeds / 参照: UniProt: P23339, rRNA N-glycosylase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-FMP / FORMYCIN-5'-MONOPHOSPHATE / ホルマイシン5′-りん酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 66% Saturated Ammomium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→10 Å / Num. all: 22605 / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 9.8 Å2 / Limit h max: 43 / Limit h min: 0 / Limit k max: 47 / Limit k min: 0 / Limit l max: 51 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1973810.51 / Observed criterion F min: 30.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
X-PLOR位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1884 10 %random
Rwork0.164 ---
all-21301 --
obs-18775 88.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 96.21 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 60.59 Å2 / Biso mean: 20.75 Å2 / Biso min: 5.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20 Å2
2---1.06 Å20 Å2
3---0.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.2 Å
Luzzati d res high-2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2053 0 37 195 2285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.26
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.090.2631699.70.21415690.022618173866.4
2.09-2.20.23120810.10.21218420.0162641205077.6
2.2-2.340.18522710.10.20520110.0122637223884.9
2.34-2.510.19624610.40.20121220.0122636236889.8
2.51-2.760.1922259.10.18822380.0132675246392
2.76-3.150.184255100.18422960.0122655255196
3.15-3.930.14427510.40.14223710.0092698264698.1
3.93-100.142519.20.13924700.0092767272198.3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION4fmp.paramfmp.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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