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万見
- PDB-1j1b: Binary complex structure of human tau protein kinase I with AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j1b
タイトルBinary complex structure of human tau protein kinase I with AMPPNP
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE / complex / tau / kinase / AMPPNP
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation ...neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of cilium assembly / beta-catenin destruction complex / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / tau-protein kinase / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / regulation of protein export from nucleus / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / cellular response to interleukin-3 / Maturation of nucleoprotein / regulation of microtubule-based process / Wnt signalosome / regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of protein localization to nucleus / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of axon extension / Maturation of nucleoprotein / tau-protein kinase activity / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / glycogen metabolic process / ER overload response / regulation of neuron projection development / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / establishment of cell polarity / protein kinase A catalytic subunit binding / dynactin binding / epithelial to mesenchymal transition / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / NF-kappaB binding / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of protein binding / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of cellular response to heat / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of autophagy / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of microtubule cytoskeleton organization / negative regulation of cell migration / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of protein ubiquitination / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / excitatory postsynaptic potential / mitochondrion organization / hippocampus development / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / circadian rhythm / regulation of circadian rhythm / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / beta-catenin binding / peptidyl-serine phosphorylation / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / tau protein binding / Wnt signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of protein catabolic process / p53 binding / kinase activity / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of neuron apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Aoki, M. / Yokota, T. / Sugiura, I. / Sasaki, C. / Hasegawa, T. / Okumura, C. / Kohno, T. / Sugio, S. / Matsuzaki, T.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structural insight into nucleotide recognition in tau-protein kinase I/glycogen synthase kinase 3 beta.
著者: Aoki, M. / Yokota, T. / Sugiura, I. / Sasaki, C. / Hasegawa, T. / Okumura, C. / Ishiguro, K. / Kohno, T. / Sugio, S. / Matsuzaki, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Expression, purification and crystallization of human tau-protein kinase I/glycogen synthase kinase-3beta
著者: Aoki, M. / Iwamoto-Sugai, M. / Sugiura, I. / Sasaki, C. / Hasegawa, T. / Okumura, C. / Sugio, S. / Kohno, T. / Matsuzaki, T.
履歴
登録2002年12月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6154
ポリマ－93,6022
非ポリマー1,0122
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area32970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.8, 86.3, 178.4
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / Tau Protein Kinase I / GSK-3 beta


分子量: 46801.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49841, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.14 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG6000, sodium chloride, magnesium chloride, glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
112-14 %(w/v)PEG60001reservoir
2100 mM1reservoirNaCl
35 mM1reservoirMgCl2
410 %(v/v)glycerol1reservoir
5100 mMHEPES-NaOH1reservoir
610 mg/mlprotein1drop
72 mMATP1dropor AMPPNP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 0.835 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.835 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.8 Å / Num. all: 525584 / Num. obs: 115006 / % possible obs: 90 %
反射 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / % possible all: 88.6
反射
*PLUS
冗長度: 6.4 % / Num. measured all: 525584 / Rmerge(I) obs: 0.056

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR98.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数
Rfree0.242 -
Rwork0.216 -
all-115006
obs-110728
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5737 0 62 419 6218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.148
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 98.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 19.8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.15
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.65
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.84 Å / Rfactor Rfree: 0.318 / Num. reflection obs: 6175 / Rfactor obs: 0.286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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