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万見
- PDB-1j0x: Crystal structure of the rabbit muscle glyceraldehyde-3-phosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j0x
タイトルCrystal structure of the rabbit muscle glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH)
要素glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / Rossmann fold / mammalian GAPDH / apoptosis / negative cooperativity
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / GAIT complex / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / positive regulation of type I interferon production / glycolytic process / microtubule cytoskeleton organization / glucose metabolic process ...peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / GAIT complex / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / positive regulation of type I interferon production / glycolytic process / microtubule cytoskeleton organization / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / regulation of translation / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / neuron apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein stabilization / innate immune response / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cowan-Jacob, S.W. / Kaufmann, M. / Anselmo, A.N. / Stark, W. / Grutter, M.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of rabbit-muscle glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase.
著者: Cowan-Jacob, S.W. / Kaufmann, M. / Anselmo, A.N. / Stark, W. / Grutter, M.G.
履歴
登録2002年11月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
P: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
Q: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
R: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,3506
ポリマ－143,0234
非ポリマー1,3272
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16980 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area44570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.70, 98.50, 183.10
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Chain O, P, Q, R form the biologically active tetramer

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要素

#1: タンパク質
glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / GAPDH


分子量: 35755.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
参照: UniProt: P46406, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, HEPES, K3-citrate, microseeding, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
116 %(w/v)PEG33501reservoir
20.1 MHEPES1reservoirpH8.0
30.2 Mpotassium citrate1reservoir
410 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→17.93 Å / Num. all: 58424 / Num. obs: 56521 / % possible obs: 96.6 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 86.1
反射
*PLUS
冗長度: 3.4 % / Num. measured all: 194719 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.1 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.227

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Dimer of PDB ENTRY 1GD1

1gd1


解像度: 2.4→17.93 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: torsion angle molecular dynamics simulated annealing maximum likelihood minimization individual B-factor refinement NCS-restraints. The structure was also refined with X-PLOR and CNX
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2853 -RANDOM
Rwork0.203 ---
all-58424 --
obs-56188 96.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.17 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3---9.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→17.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10044 0 88 473 10605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.44
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 440 -
Rwork0.257 --
obs-7939 87.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2CSW.paramCSW.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4CSX.paramCSX.top
X-RAY DIFFRACTION5NAD.paramNAD.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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