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万見
- PDB-1j08: Crystal structure of glutaredoxin-like protein from Pyrococcus ho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j08
タイトルCrystal structure of glutaredoxin-like protein from Pyrococcus horikoshii
要素glutaredoxin-like protein
キーワードISOMERASE / alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutaredoxin-like, bacteria/archaea / Glutaredoxin-like domain (DUF836) / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin domain profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
226aa long hypothetical glutaredoxin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Tanabe, E. / Tsumoto, K. / Kumagai, I. / Yao, M. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Protein disulfide isomerase from hyperthermophile as an additives of refolding of an immunoglobulin-folded protein
著者: Tanaka, Y. / Tanabe, E. / Tsumoto, K. / Kumagai, I. / Yao, M. / Tanaka, I.
履歴
登録2002年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glutaredoxin-like protein
B: glutaredoxin-like protein
C: glutaredoxin-like protein
D: glutaredoxin-like protein
E: glutaredoxin-like protein
F: glutaredoxin-like protein
G: glutaredoxin-like protein
H: glutaredoxin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,3968
ポリマ－205,3968
非ポリマー00
水21,0781170
1
A: glutaredoxin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6751
ポリマ－25,6751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: glutaredoxin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6751
ポリマ－25,6751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: glutaredoxin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6751
ポリマ－25,6751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: glutaredoxin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6751
ポリマ－25,6751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: glutaredoxin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6751
ポリマ－25,6751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: glutaredoxin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6751
ポリマ－25,6751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: glutaredoxin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6751
ポリマ－25,6751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: glutaredoxin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6751
ポリマ－25,6751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.950, 257.330, 48.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
glutaredoxin-like protein


分子量: 25674.506 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH0178 / プラスミド: pET20b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O57917
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, Calcium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月4日 / 詳細: mirror and monochromator
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 81040 / Num. obs: 80869 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 11301 / Rsym value: 0.226 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A8L

1a8l


解像度: 2.3→10 Å / Data cutoff high absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 5730 7.1 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all-80869 --
obs-79595 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: throughout / Bsol: 72.1 Å2 / ksol: 0.4756 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.011 Å20 Å20 Å2
2--0.648 Å20 Å2
3----6.658 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.315 Å-
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2492 Å-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14344 0 0 1170 15514
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0058
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1317
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.725
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.729
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 554 7 %
Rwork0.209 7262 -
obs-7816 98.76 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: CNS_PRTEIN_PRE.PARAM / Topol file: CNS_PRTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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