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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ixs | ||||||
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タイトル | Structure of RuvB complexed with RuvA domain III | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / heterodimeric protein complex / AAA-ATPase domain / complex with nucleotide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / DNA helicase / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Yamada, K. / Miyata, T. / Tsuchiya, D. / Oyama, T. / Fujiwara, Y. / Ohnishi, T. / Iwasaki, H. / Shinagawa, H. / Ariyoshi, M. / Mayanagi, K. / Morikawa, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002 タイトル: Crystal Structure of the RuvA-RuvB Complex: A Structural Basis for the Holliday Junction Migrating Motor Machinery 著者: Yamada, K. / Miyata, T. / Tsuchiya, D. / Oyama, T. / Fujiwara, Y. / Ohnishi, T. / Iwasaki, H. / Shinagawa, H. / Ariyoshi, M. / Mayanagi, K. / Morikawa, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ixs.cif.gz | 77.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ixs.ent.gz | 58.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ixs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ixs_validation.pdf.gz | 763.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ixs_full_validation.pdf.gz | 784.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ixs_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ixs_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/1ixs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/1ixs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a heterodimer in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6698.849 Da / 分子数: 1 / 断片: RuvA domain III / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: ruva / プラスミド: pGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9F1Q3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 35417.984 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-318 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: ruvb / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SL87, EC: 3.6.1.3 |
#3: 化合物 | ChemComp-ANP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.1 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 0.836 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月13日 |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.836 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→41 Å / Num. all: 235468 / Num. obs: 235468 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 41 Å / Num. obs: 12468 / Num. measured all: 235468 / Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.324 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HQC 解像度: 3.2→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.293 / Rfactor Rwork: 0.23 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.4718 / Rfactor Rwork: 0.35 |