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万見
- PDB-1ixs: Structure of RuvB complexed with RuvA domain III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ixs
タイトルStructure of RuvB complexed with RuvA domain III
要素
  • Holliday junction DNA helicase ruvA
  • RuvB
キーワードHYDROLASE / heterodimeric protein complex / AAA-ATPase domain / complex with nucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / four-way junction DNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA recombination / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial DNA recombination protein RuvA / Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvA N terminal domain / RuvA, C-terminal domain / DNA helicase, Holliday junction RuvB-type / RuvB C-terminal winged helix domain / RuvB-like P-loop domain / RuvB, AAA lid domain ...Bacterial DNA recombination protein RuvA / Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvA N terminal domain / RuvA, C-terminal domain / DNA helicase, Holliday junction RuvB-type / RuvB C-terminal winged helix domain / RuvB-like P-loop domain / RuvB, AAA lid domain / RuvB C-terminal winged helix domain / Holliday junction DNA helicase RuvB P-loop domain / RuvB AAA lid domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / RuvA domain 2-like / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Holliday junction branch migration complex subunit RuvB / Holliday junction branch migration complex subunit RuvA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yamada, K. / Miyata, T. / Tsuchiya, D. / Oyama, T. / Fujiwara, Y. / Ohnishi, T. / Iwasaki, H. / Shinagawa, H. / Ariyoshi, M. / Mayanagi, K. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of the RuvA-RuvB Complex: A Structural Basis for the Holliday Junction Migrating Motor Machinery
著者: Yamada, K. / Miyata, T. / Tsuchiya, D. / Oyama, T. / Fujiwara, Y. / Ohnishi, T. / Iwasaki, H. / Shinagawa, H. / Ariyoshi, M. / Mayanagi, K. / Morikawa, K.
履歴
登録2002年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Holliday junction DNA helicase ruvA
B: RuvB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6233
ポリマ－42,1172
非ポリマー5061
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.060, 102.060, 137.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is a heterodimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Holliday junction DNA helicase ruvA


分子量: 6698.849 Da / 分子数: 1 / 断片: RuvA domain III / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: ruva / プラスミド: pGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9F1Q3
#2: タンパク質 RuvB


分子量: 35417.984 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-318 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: ruvb / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SL87, EC: 3.6.1.3
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.5 mMRuvA domain III1drop
20.5 mMRuvB1drop
31 mMAMPPNP1drop
410 mMTris-HCl1droppH8.0
50.1 M1dropNaCl
610 %(w/v)glycerol1drop
710 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
80.1 M1reservoirNaCl
910 %(w/v)glycerol1reservoir
1010 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 0.836 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月13日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.836 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→41 Å / Num. all: 235468 / Num. obs: 235468 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
最低解像度: 41 Å / Num. obs: 12468 / Num. measured all: 235468 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.324

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HQC

1hqc


解像度: 3.2→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2941 633 -RANDOM
Rwork0.2313 ---
all-12434 --
obs-12434 99.1 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2848 0 31 0 2879
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0073
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.334
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.31 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4718 59 -
Rwork0.35 --
obs-1209 94.3 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.293 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.4718 / Rfactor Rwork: 0.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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