ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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DENZO | データ削減 | SCALEPACK | データスケーリング | SOLVE | 位相決定 | SHARP | 位相決定 | WARP | モデル構築 | CNS | 精密化 | ARP/wARP | モデル構築 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.94→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.239 | 1078 | 9.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.199 | - | - | - |
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all | - | 11035 | - | - |
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obs | - | 11527 | 95 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: throughput / Bsol: 49.8 Å2 / ksol: 0.462 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.55 Å2 | -1.51 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.55 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.1 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.288 Å | - |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→10 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1027 | 0 | 0 | 89 | 1116 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.013 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.564 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d26.117 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.791 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.97 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.52 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it3.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it4.95 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | % reflection Rfree (%) | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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1.94-2.01 | 0.253 | 110 | 10.2 | 0.239 | 970 | 1080 | 95 | 2.01-2.09 | 0.252 | 124 | | 0.214 | | 1129 | 97 | 2.09-2.18 | 0.232 | 108 | | 0.219 | | 1111 | 98 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg26.117 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.791 | | | | |
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