PDB-1ixc: Crystal structure of CbnR, a LysR family transcriptional regulator

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ixc

タイトル

Crystal structure of CbnR, a LysR family transcriptional regulator

要素

LysR-type regulatory protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Long alpha helix connecting DNA binding and regulatory domains

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Cupriavidus necator (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Muraoka, S. / Okumura, R. / Ogawa, N. / Miyashita, K. / Senda, T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
著者: Muraoka, S. / Okumura, R. / Ogawa, N. / Nonaka, T. / Miyashita, K. / Senda, T.

履歴

登録	2002年6月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ixc.cif.gz	122.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ixc.ent.gz	96.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ixc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ixc_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ixc_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	1ixc_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	1ixc_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/1ixc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/1ixc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1iz1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1iz1-d 5y2v-d 6x5s-d 4bx8-d 1b06-d 6w2j-1 1svl-d 6uel-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LysR-type regulatory protein

B: LysR-type regulatory protein

64.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LysR-type regulatory protein

B: LysR-type regulatory protein

A: LysR-type regulatory protein

B: LysR-type regulatory protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.220, 100.856, 87.735
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

Tetrameric form of CbnR is generated by the two fold axis: -x, -y, z.

#1: タンパク質	LysR-type regulatory protein / CbnR 分子量: 32319.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア) 遺伝子: cbnR / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WXC7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Tris/HCl, MgSO4, NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	111	1
2	105	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL40B2	1	0.9796, 0.9798, 0.9721, 0.9862
シンクロトロン	Photon Factory	BL-6A	2	0.978

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2001年10月1日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2002年1月30日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	fixed-exit double crystal monochromator	MAD	M	x-ray	1
2	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9796	1
2	0.9798	1
3	0.9721	1
4	0.9862	1
5	0.978	1

反射

解像度: 2.2→35.6 Å / Num. all: 32808 / Num. obs: 32808 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.053 / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 9.4

反射シェル

解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 0.265 / Num. unique all: 4689 / R_sym value: 0.265 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定
REFMAC	5	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→87.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 8.424 / SU ML: 0.22 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24527	1676	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21763	-	-	-
all	0.21907	31092	-	-
obs	0.21907	31080	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.122 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→87.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4436	0	0	128	4564

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	4504
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4360
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.334	1.961	6065
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.725	3	10033
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.872	3	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.427	15	823
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	707
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4902
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	965
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.354	0.3	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.3	4149
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.002	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.109	0.3	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.196	0.3	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.455	0.5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.58	1.5	2859
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.087	2	4558
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.521	3	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.593	4.5	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.343	118
R_work	0.252	2237

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6655	0.1256	-0.5467	7.3072	-1.0471	4.6531	-0.3204	0.3694	-0.0113	-1.3773	0.2698	0.0272	0.5823	-0.5964	0.0507	0.8298	-0.2939	0.0686	0.3483	0.0114	0.0485	11.83	23.992	3.505
2	1.076	-1.6265	-2.0559	16.1265	9.3006	8.7455	-0.4256	0.1559	0.0445	-0.1582	0.1491	0.5633	0.5314	-0.4128	0.2764	0.4433	-0.1478	0.0426	0.3161	-0.0014	0.1704	10.907	29.203	19.684
3	0.9405	0.392	-0.0522	2.3223	-0.4618	0.5973	0.0292	-0.2051	0.0088	0.0947	-0.0542	-0.0056	-0.0168	0.0999	0.025	0.2645	0.006	0.0104	0.3654	-0.0107	0.1618	-4.181	15.719	38.046
4	3.4039	0.0018	-0.884	3.6375	-0.7502	7.128	0.0051	0.0242	0.2353	-0.3796	0.1415	-0.8126	-0.7061	0.7981	-0.1466	0.3636	-0.1816	0.0996	0.3196	-0.0178	0.3536	26.354	43.651	19.303
5	0.2449	0.2133	-1.6871	17.4157	5.93	4.2374	-0.1642	-0.1435	-0.0282	0.1082	0.2463	-0.7412	0.553	0.1094	-0.0822	0.4386	-0.0166	-0.0337	0.2658	-0.0037	0.2519	20.722	26.834	21.318
6	1.0866	0.4345	-0.4449	3.5621	-0.0675	1.6873	-0.0567	0.0998	-0.2211	-0.5955	0.0487	-0.4212	-0.0426	0.0573	0.008	0.3313	0.0087	0.1093	0.2779	-0.0463	0.2374	16.793	-20.694	17.922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 58	1 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	59 - 88	59 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	89 - 292	89 - 292
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 58	1 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	59 - 88	59 - 88
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	89 - 289	89 - 289

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関連情報:EMDBヘッダ

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