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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iw1 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a heme oxygenase (HmuO) from Corynebacterium diphtheriae complexed with heme in the ferrous state | |||||||||
![]() | Heme oxygenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / alpha helix / bacterial iron acquisition / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | |||||||||
機能・相同性 | ![]() heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hirotsu, S. / Unno, M. / Chu, G.C. / Lee, D.S. / Park, S.Y. / Shiro, Y. / Ikeda-Saito, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structures of the ferric and ferrous forms of the heme complex of HmuO, a heme oxygenase of Corynebacterium diphtheriae. 著者: Hirotsu, S. / Chu, G.C. / Unno, M. / Lee, D.S. / Yoshida, T. / Park, S.Y. / Shiro, Y. / Ikeda-Saito, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 283.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Biological assembly is a monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24170.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pMW172 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P71119, heme oxygenase (biliverdin-producing) #2: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: ammonium sulfate, NaI, MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→44 Å / Num. obs: 110939 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.306 / % possible all: 98.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 44 Å / Num. measured all: 651990 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.11 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 12 Å / Rfactor Rwork: 0.178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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