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- PDB-1iw1: Crystal structure of a heme oxygenase (HmuO) from Corynebacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iw1
タイトルCrystal structure of a heme oxygenase (HmuO) from Corynebacterium diphtheriae complexed with heme in the ferrous state
要素Heme oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha helix / bacterial iron acquisition / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hirotsu, S. / Unno, M. / Chu, G.C. / Lee, D.S. / Park, S.Y. / Shiro, Y. / Ikeda-Saito, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The crystal structures of the ferric and ferrous forms of the heme complex of HmuO, a heme oxygenase of Corynebacterium diphtheriae.
著者: Hirotsu, S. / Chu, G.C. / Unno, M. / Lee, D.S. / Yoshida, T. / Park, S.Y. / Shiro, Y. / Ikeda-Saito, M.
履歴
登録2002年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase
B: Heme oxygenase
C: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,66317
ポリマ－72,5103
非ポリマー3,15214
水10,521584
1
A: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6098
ポリマ－24,1701
非ポリマー1,4397
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2677
ポリマ－24,1701
非ポリマー1,0976
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7872
ポリマ－24,1701
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
A: Heme oxygenase
ヘテロ分子

B: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,87615
ポリマ－48,3402
非ポリマー2,53613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.865, 62.837, 107.208
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Heme oxygenase


分子量: 24170.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
プラスミド: pMW172 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P71119, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: ammonium sulfate, NaI, MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
220 mMMES1droppH7.0
350 mMMES1reservoirpH5.8
42.2 Mammonium sulfate1reservoir
5230 mMsodium iodode1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45PX / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44 Å / Num. obs: 110939 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.306 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 44 Å / Num. measured all: 651990
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.59 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 5579 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.178 105106 98.89 %-
all-66791 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20.027 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.026 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4974 0 172 380 5526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225317
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7092.2357234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8333.1210859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.0643626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.66815891
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021091
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.31381
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.34725
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.5393
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0080.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.337
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2260.384
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1140.539
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1791.53117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90224948
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.72432200
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2114.52286
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.46825317
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.4532584
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.53825209
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.266 407
Rwork0.212 7584
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 12 Å / Rfactor Rwork: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.71

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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