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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ivp | ||||||
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タイトル | THE CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE PROTEASE FROM HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 2 WITH TWO SYNTHETIC PEPTIDIC TRANSITION STATE ANALOG INHIBITORS | ||||||
![]() | HIV-2 PROTEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / structural molecule activity / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Mulichak, A.M. / Watenpaugh, K.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystallographic structure of the protease from human immunodeficiency virus type 2 with two synthetic peptidic transition state analog inhibitors. 著者: Mulichak, A.M. / Hui, J.O. / Tomasselli, A.G. / Heinrikson, R.L. / Curry, K.A. / Tomich, C.S. / Thaisrivongs, S. / Sawyer, T.K. / Watenpaugh, K.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: SEE REMARK 5 ABOVE. / 2: SEE REMARK 6 ABOVE. | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.2141, 0.9365, -0.2776), ベクター: 詳細 | THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC C(2) SYMMETRY RELATING THE TWO MONOMERS OF THE PROTEASE DIMER IS GIVEN ON THE MTRIX RECORDS BELOW. THIS TRANSFORMATION WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN B WHEN APPLIED TO CHAIN A. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10712.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Lentivirus / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-1ZK / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | COMPONENT CAV 3 OF THE INHIBITOR 1ZK B 100 IS THE DIPEPTIDE ISOSTERE CYCLOHEXYL ALANINE PSI(CHOH- ...COMPONENT CAV 3 OF THE INHIBITOR 1ZK B 100 IS THE DIPEPTIDE ISOSTERE CYCLOHEXYL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 5285 / % possible obs: 86 % / Rmerge F obs: 0.095 / Num. measured all: 20722 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.197 / 最高解像度: 2.5 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. reflection obs: 5563 / Rfactor obs: 0.197 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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