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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ivj | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Rat Hemeoxygenase-1 in Complex with Heme and Azide. | ||||||
要素 | Hemeoxygenase-1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ALPHA HELIX / DI-OXYGEN ANALOG COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of HMOX1 expression and activity / arachidonate omega-hydroxylase activity / Iron uptake and transport / response to 3-methylcholanthrene / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of mast cell degranulation / response to arachidonate / heme metabolic process / phospholipase D activity ...Regulation of HMOX1 expression and activity / arachidonate omega-hydroxylase activity / Iron uptake and transport / response to 3-methylcholanthrene / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of mast cell degranulation / response to arachidonate / heme metabolic process / phospholipase D activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / cellular response to cisplatin / heme oxidation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / negative regulation of muscle cell apoptotic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of mast cell cytokine production / heme catabolic process / cellular response to arsenic-containing substance / cellular response to nutrient / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / erythrocyte homeostasis / negative regulation of ferroptosis / epithelial cell apoptotic process / negative regulation of macroautophagy / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of macroautophagy / phospholipid metabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to cadmium ion / caveola / liver regeneration / macroautophagy / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / response to nicotine / response to hydrogen peroxide / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / regulation of blood pressure / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to heat / cellular response to hypoxia / angiogenesis / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / response to oxidative stress / response to hypoxia / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Sugishima, M. / Sakamoto, H. / Omata, Y. / Hayashi, S. / Noguchi, M. / Fukuyama, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Crystal Structure of Rat Heme Oxygenase-1 in Complex with Heme Bound to Azide. IMPLICATION FOR REGIOSPECIFIC HYDROXYLATION OF HEME AT THE alpha -MESO CARBON 著者: Sugishima, M. / Sakamoto, H. / Omata, Y. / Hayashi, S. / Noguchi, M. / Fukuyama, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ivj.cif.gz | 63.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ivj.ent.gz | 44.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ivj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/1ivj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/1ivj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1dveS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30612.496 Da / 分子数: 1 / 断片: TRANS-MEMBRANE REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P06762, heme oxygenase (biliverdin-producing) | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HEM / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: sodium formate, pottasium phosphate, sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 23849 / Num. obs: 23376 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.25 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique all: 1157 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 96.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 23376 / Num. measured all: 169506 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 96.1 % / Rmerge(I) obs: 0.325 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DVE 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.26 |