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万見
- PDB-1ivi: Crystal Structure of pig dihydrolipoamide dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ivi
タイトルCrystal Structure of pig dihydrolipoamide dehydrogenase
要素dihydrolipoamide dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE COMPLEX / PYRUVATE DEHYDROGENASE COMPLEX
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 8 Å
データ登録者Toyoda, T. / Kobayashi, R. / Sekiguchi, T. / Koike, K. / Koike, M. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of pig E3, lipoamide dehydrogenase.
著者: Toyoda, T. / Kobayashi, R. / Sekiguchi, T. / Koike, K. / Koike, M. / Takenaka, A.
履歴
登録2002年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dihydrolipoamide dehydrogenase
D: dihydrolipoamide dehydrogenase
B: dihydrolipoamide dehydrogenase
E: dihydrolipoamide dehydrogenase
C: dihydrolipoamide dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,4915
ポリマ－203,4915
非ポリマー00
水00
1
A: dihydrolipoamide dehydrogenase
D: dihydrolipoamide dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3962
ポリマ－81,3962
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: dihydrolipoamide dehydrogenase
E: dihydrolipoamide dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3962
ポリマ－81,3962
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: dihydrolipoamide dehydrogenase

C: dihydrolipoamide dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3962
ポリマ－81,3962
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)359.300, 359.300, 140.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質
dihydrolipoamide dehydrogenase / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 40698.164 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: dihydrolipoyl dehydrogenase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMpotassium phosphate1droppH7.0
26.6 mg/mlprotein1drop
30.25 mMFAD1drop
40.75 Mammonium sulfate1drop
550 mMpotassium phosphate1reservoirpH7.0
61.5 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 8→50 Å / Num. all: 13615 / Num. obs: 5838 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射
*PLUS
最高解像度: 8 Å / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 13615

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 8→50 Å / Rfactor Rwork: 0.378
詳細: The coordinates for only the alpha carbons are present in the structure.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2390 0 0 0 2390
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.379
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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