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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iv4 | ||||||
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タイトル | Structure of 2C-Methyl-D-erythritol-2,4-cyclodiphosphate Synthase (bound form Substrate) | ||||||
![]() | 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase | ||||||
![]() | LYASE / isoprenoid / non-mevalonate / synthase / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kishida, H. / Wada, T. / Unzai, S. / Kuzuyama, T. / Terada, T. / Sirouzu, M. / Yokoyama, S. / Tame, J.R.H. / Park, S.-Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and catalytic mechanism of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate (MECDP) synthase, an enzyme in the non-mevalonate pathway of isoprenoid synthesis. 著者: Kishida, H. / Wada, T. / Unzai, S. / Kuzuyama, T. / Takagi, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Tame, J.R. / Park, S.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 157.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 690.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 725.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16598.191 Da / 分子数: 6 / 変異: L41M, L81M, L120M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET11B / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8RQP5, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-C5P / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.91 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→20 Å / Num. all: 940054 / Num. obs: 118106 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.175 / % possible all: 76 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 940054 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER,J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 7592 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 118106 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rfree: 0.251 / Rfactor Rwork: 0.202 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |