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- PDB-1iux: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE COMPLEXED WITH 4-4-HYDROXYBENZOATE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iux
タイトルP-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE COMPLEXED WITH 4-4-HYDROXYBENZOATE AT PH 9.4
要素P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / AROMATIC HYDROCARBONS CATABOLISM / OXIDOREDUCATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADPH) activity / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase activity / benzoate catabolic process via hydroxylation / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / P-HYDROXYBENZOIC ACID / p-hydroxybenzoate hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gatti, D.L. / Entsch, B. / Ballou, D.P. / Ludwig, M.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: pH-dependent structural changes in the active site of p-hydroxybenzoate hydroxylase point to the importance of proton and water movements during catalysis.
著者: Gatti, D.L. / Entsch, B. / Ballou, D.P. / Ludwig, M.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Crystal Structures of Wild-Type P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with 4-Aminobenzoate,2,4-Dihydroxybenzoate, and 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate and of the Tyr222Ala Mutant Complexed ...タイトル: Crystal Structures of Wild-Type P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with 4-Aminobenzoate,2,4-Dihydroxybenzoate, and 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate and of the Tyr222Ala Mutant Complexed with 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate. Evidence for a Proton Channel and a New Binding Mode of the Flavin Ring
著者: Schreuder, H.A. / Mattevi, A. / Obmolova, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / Van Der Bolt, F.J. / Van Berkel, W.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Crystal Structures of Mutant Pseudomonas Aeruginosa P-Hydroxybenzoate Hydroxylases:The Tyr201Phe, Tyr385Phe and Asn300Asp Variants
著者: Lah, M.S. / Palfey, B.A. / Schreuder, H.A. / Ludwig, M.L.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Catalytic Function of Tyrosine Residues in Para-Hydroxybenzoate Hydroxylase as Determined by the Study of Site-Directed Mutants
著者: Entsch, B. / Palfey, B.A. / Ballou, D.P. / Massey, V.
履歴
登録1995年11月22日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3063
ポリマ－44,3831
非ポリマー9242
水3,387188
1
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子

A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6126
ポリマ－88,7652
非ポリマー1,8474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area6460 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area30460 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.730, 146.370, 88.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE / PHBH


分子量: 44382.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PH 9.4 STRUCTURE / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: POBA / プラスミド: PIE130 / 遺伝子 (発現宿主): POBA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P20586, 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.9 %
結晶化pH: 9.4 / 詳細: pH 9.4
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4-23 ℃ / pH: 7.4 / 手法: interface diffusion
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlPHBH110.005ml
20.1 Mpotassium phosphate11
32 mMp-OHB11
40.004 mMFAD11
50.2 mMglutathione11
671 %satammonium sulfate12
70.1 Mpotassium phosphate12

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 詳細: 0.5 MM COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→15 Å / Num. obs: 31069 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.58 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 4.55 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 0.0105 / % possible all: 94.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2→15 Å / σ(F): 0
詳細: THE SEGMENT PRO 293 - ALA 296 IS PRESENT IN TWO CONFORMATIONS. CYS 116: MODIFIED CYSTEINE WITH ADDITIONAL ELECTRON DENSITY NEAR THE SULFUR AT X=5.47 Y=107.86 Z=71.44. THE TYPE OF CHEMICAL ...詳細: THE SEGMENT PRO 293 - ALA 296 IS PRESENT IN TWO CONFORMATIONS. CYS 116: MODIFIED CYSTEINE WITH ADDITIONAL ELECTRON DENSITY NEAR THE SULFUR AT X=5.47 Y=107.86 Z=71.44. THE TYPE OF CHEMICAL MODIFICATION CANNOT BE UNAMBIGUOUSLY DETERMINED FROM THE ELECTRON DENSITY. SIDE CHAIN OF RESIDUES 136, 173, 393, 394 NOT ORDERED. THE THE MODEL IS DERIVED FROM A COMBINATION OF FIT TO RESIDUAL DENSITY AND ENERGY MINIMIZATION.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.1735 --
obs0.1735 31069 98.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3124 0 63 188 3375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
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X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.582
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X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.02
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X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.384
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.029
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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