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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iuq | ||||||
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タイトル | The 1.55 A Crystal Structure of Glycerol-3-Phosphate Acyltransferase | ||||||
要素 | Glycerol-3-Phosphate Acyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / OPEN TWISTED ALPHA/BETA / FOUR HELIX BUNDLE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / glycerol-3-phosphate 1-O-acyltransferase / glycerol-3-phosphate O-acyltransferase activity / : / phosphatidylglycerol biosynthetic process / CDP-diacylglycerol biosynthetic process / chloroplast stroma 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cucurbita moschata (ニホンカボチャ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Tamada, T. / Feese, M.D. / Kato, Y. / Kuroki, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Substrate recognition and selectivity of plant glycerol-3-phosphate acyltransferases (GPATs) from Cucurbita moscata and Spinacea oleracea. 著者: Tamada, T. / Feese, M.D. / Ferri, S.R. / Kato, Y. / Yajima, R. / Toguri, T. / Kuroki, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1iuq.cif.gz | 95.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1iuq.ent.gz | 71.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1iuq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/1iuq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/1iuq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41165.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cucurbita moschata (ニホンカボチャ) プラスミド: pET-17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: P10349, glycerol-3-phosphate 1-O-acyltransferase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.6-1.8M AMMONIUM SULFATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月14日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.548→27.125 Å / Num. all: 61882 / Num. obs: 60415 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 20.27 Å2 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.548→1.61 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 5411 / Rsym value: 0.292 / % possible all: 86.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.55 Å / Num. obs: 61882 / Rmerge(I) obs: 0.035 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.55 Å / % possible obs: 86.6 % / Rmerge(I) obs: 0.292 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.996 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.957 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20 /
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.55 Å / 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.217 / Rfactor Rwork: 0.201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.55 Å / 最低解像度: 1.61 Å |