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万見
- PDB-1iu3: CRYSTAL STRUCTURE OF THE E.COLI SEQA PROTEIN COMPLEXED WITH HEMIM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iu3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE E.COLI SEQA PROTEIN COMPLEXED WITH HEMIMETHYLATED DNA
要素
  • 5'-D(*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*T)-3'
  • SeqA protein
キーワードREPLICATION INHIBITOR/DNA / Protein-DNA complex / Recognition of hemimethylated DNA / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / REPLICATION INHIBITOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SeqA-DNA complex / nucleoid organization / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / sister chromatid cohesion / DNA replication origin binding / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / response to radiation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity ...SeqA-DNA complex / nucleoid organization / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / sister chromatid cohesion / DNA replication origin binding / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / response to radiation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Negative modulator of initiation of replication SeqA / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Negative modulator of initiation of replication SeqA, N-terminal / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain superfamily / SeqA protein C-terminal domain / SeqA protein N-terminal domain / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix ...Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Negative modulator of initiation of replication SeqA / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Negative modulator of initiation of replication SeqA, N-terminal / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain superfamily / SeqA protein C-terminal domain / SeqA protein N-terminal domain / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Negative modulator of initiation of replication / Negative modulator of initiation of replication
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fujikawa, N. / Kurumizaka, H. / Nureki, O. / Tanaka, Y. / Yamazoe, M. / Hiraga, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004
タイトル: Structural and biochemical analyses of hemimethylated DNA binding by the SeqA protein.
著者: Fujikawa, N. / Kurumizaka, H. / Nureki, O. / Tanaka, Y. / Yamazoe, M. / Hiraga, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2002年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*A)-3'
B: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*A)-3'
E: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*T)-3'
C: SeqA protein
F: SeqA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2486
ポリマ－38,2486
非ポリマー00
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.595, 152.595, 119.355
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*A)-3'


分子量: 3062.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*T)-3'


分子量: 3025.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 SeqA protein


分子量: 13035.929 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA binding domain, Residues 71-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: SeqA / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: P36658, UniProt: P0AFY8*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES-Na, tri-Sodium Citrate dihydrate, Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES-Na11
2tri-Sodium Citrate dihydrate11
3Glycerol11
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mg/mlprotein1drop
290 mMHEPES1reservoirpH7.5
31.26 Mtri-sodium citrate dihydrate1reservoir
410 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU10.979713
シンクロトロンSPring-8 BL41XU20.9798,0.9800,0.9742,0.9839
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2001年1月1日
MARRESEARCH2CCD2001年1月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1rotated-inclined fixed exit double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2rotated-inclined fixed exit double crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9797131
20.97981
30.981
40.97421
50.98391
反射解像度: 3→41.33 Å / Num. all: 16587 / Num. obs: 16587 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / % possible all: 85.4
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 16548 / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.286 816 RANDOM
Rwork0.238 --
all-16587 -
obs-16586 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.82 Å0.69 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1816 808 0 131 2755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d3.16095
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0316
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.82394
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.6685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDTotal num. of bins used
3-3.050.523X-RAY DIFFRACTION6
3.05-3.110.496X-RAY DIFFRACTION6
3.11-3.170.476X-RAY DIFFRACTION6
3.17-3.230.376X-RAY DIFFRACTION6
3.23-3.30.302X-RAY DIFFRACTION6
3.3-3.380.284X-RAY DIFFRACTION6
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.16
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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