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万見
- PDB-1itz: Maize Transketolase in complex with TPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1itz
タイトルMaize Transketolase in complex with TPP
要素Transketolase
キーワードTRANSFERASE / Calvin cycle / Transketolase / Zea mays / Cofactor / Thiamine pyrophosphate / Plant
機能・相同性
機能・相同性情報


transketolase / transketolase activity / reductive pentose-phosphate cycle / pentose-phosphate shunt / cobalt ion binding / chloroplast thylakoid membrane / manganese ion binding / calcium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase, N-terminal / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain ...Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase, N-terminal / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / Transketolase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gerhardt, S. / Echt, S. / Bader, G. / Freigang, J. / Busch, M. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M.
引用ジャーナル: PLANT PHYSIOL. / 年: 2003
タイトル: Structure and properties of an engineered transketolase from maize
著者: Gerhardt, S. / Echt, S. / Busch, M. / Freigang, J. / Auerbach, G. / Bader, G. / Martin, W.F. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M.
履歴
登録2002年2月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transketolase
B: Transketolase
C: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,5759
ポリマ－219,2263
非ポリマー1,3496
水7,927440
1
A: Transketolase
B: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0506
ポリマ－146,1502
非ポリマー8994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9830 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area40150 Å2
手法PISA
2
C: Transketolase
ヘテロ分子

C: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0506
ポリマ－146,1502
非ポリマー8994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)136.438, 136.438, 203.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a homodimer. Three molecules are in the asymmetric unit. The second part of the biological assembly of one molecule is generated by the two crystallographic fold axis

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要素

#1: タンパク質 Transketolase


分子量: 73075.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / プラスミド: pET32a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIC9, transketolase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, ammonium acetate, spermine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112-15 mg/mlprotein1drop
210 mMTris hydrochloride1droppH7.5
32 mM1dropMgCl2
450000 nMTPP1drop
513 %(w/v)PEG33501reservoir
6130 mMammonium acetate1reservoir
7100 mMspermine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→33.52 Å / Num. all: 91549 / Num. obs: 91549 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 93.8
反射
*PLUS
Num. obs: 91552 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.12
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.8 % / Rmerge(I) obs: 0.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→33.52 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2001 4592 RANDOM
Rwork0.1655 --
all0.167 91549 -
obs0.167 91549 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15246 0 81 440 15767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008854
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4648
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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