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万見
- PDB-1itt: Average Crystal Structure of (Pro-Pro-Gly)9 at 1.0 angstroms Reso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1itt
タイトルAverage Crystal Structure of (Pro-Pro-Gly)9 at 1.0 angstroms Resolution
要素(COLLAGEN TRIPLE HELIX) x 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / collagen / triple helix / Pro-Pro-Gly / single crystal
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Hongo, C. / Nagarajan, V. / Noguchi, K. / Kamitori, S. / Okuyama, K. / Tanaka, Y. / Nishino, N.
引用ジャーナル: Plym.J. / 年: 2001
タイトル: Average Crystal Structure of (Pro-Pro-Gly)9 at 1.0 angstroms Resolution
著者: Hongo, C. / Nagarajan, V. / Noguchi, K. / Kamitori, S. / Okuyama, K. / Tanaka, Y. / Nishino, N.
履歴
登録2002年2月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年12月25日Group: Derived calculations
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLLAGEN TRIPLE HELIX
B: COLLAGEN TRIPLE HELIX
C: COLLAGEN TRIPLE HELIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8133
ポリマ－1,8133
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area1440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.821, 26.333, 20.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE ENTIRE 27 RESIDUE LONG PEPTIDE CAN BE GENERATED FROM THE SUBMITTED ASYMMETRIC UNIT BY APPLYING THE FOLLOWING TRANSLATIONS (USING FRACTIONAL COORDINATES): CHAIN A: TRANSLATE RESIDUES 2 - 7 BY (0 0 1), AND RESIDUES 1-7 BY (002), (003), (004) AND RESIDUE 1 BY (005). CHAIN B: TRANSLATE RESIDUES 33-37 BY (0 0 1), AND RESIDUES 31-37 BY (002), (003), (004) AND RESIDUE 31-32 BY (005). CHAIN C: TRANSLATE RESIDUES 64-67 BY (0 0 1), AND RESIDUES 61-67 BY (002), (003), (004). THIS WILL RESULT IN A MOLECULE WITH A TOTAL OF 81 RESIDUES, 27 IN EACH CHAIN.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド COLLAGEN TRIPLE HELIX


分子量: 577.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in collagens.
#2: タンパク質・ペプチド COLLAGEN TRIPLE HELIX


分子量: 617.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in collagens.
#3: タンパク質・ペプチド COLLAGEN TRIPLE HELIX


分子量: 617.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in collagens.
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.13 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG400, acetic acid, sodium azide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1999年5月18日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→8 Å / Num. all: 6129 / Num. obs: 2922 / Observed criterion σ(F): 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
TEXSANデータ収集
teXsanデータ削減
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
TEXSANデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The structural model for collagen proposed by Okuyama (1981)

解像度: 1→8 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.294 292 random
Rwork0.222 --
all-2922 -
obs-2922 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数126 0 0 34 160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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