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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1isw | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86 complexed with xylobiose | |||||||||
![]() | endo-1,4-beta-D-xylanase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / ALPHA-BETA BARREL / PROTEIN-SUGAR COMPLEX / CARBOHYDRATE BINDING DOMAIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fujimoto, Z. / Kuno, A. / Kaneko, S. / Kobayashi, H. / Kusakabe, I. / Mizuno, H. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of the sugar complexes of Streptomyces olivaceoviridis E-86 xylanase: sugar binding structure of the family 13 carbohydrate binding module. 著者: Fujimoto, Z. / Kuno, A. / Kaneko, S. / Kobayashi, H. / Kusakabe, I. / Mizuno, H. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of Streptomyces olivaceoviridis E-86 beta-xylanase containing xylan-binding domain 著者: Fujimoto, Z. / Kuno, A. / Kaneko, S. / Yoshida, S. / Kobayashi, H. / Kusakabe, I. / Mizuno, H. #2: ![]() タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic study of Streptomyces olivaceoviridis E-86 beta-xylanase 著者: Fujimoto, Z. / Mizuno, H. / Kuno, A. / Yoshida, S. / Kobayashi, H. / Kusakabe, I. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 153.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46791.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: E-86 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylobiose #3: 糖 | ChemComp-XYP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: ammonium sulfate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46 Å / Num. all: 359683 / Num. obs: 66842 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.22 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 6586 / % possible all: 77.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 359683 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1XYF 解像度: 2.1→29.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.7471 Å2 / ksol: 0.39314 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor obs: 0.196 / Rfactor Rfree: 0.244 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.18 Å / % reflection Rfree: 11.1 % / Rfactor Rwork: 0.244 / Num. reflection Rwork: 4447 / Rfactor obs: 0.244 |