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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ism | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of BST-1/CD157 complexed with nicotinamide | |||||||||
![]() | bone marrow stromal cell antigen 1 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / ADP ribosyl cyclase / NAD glycohydrolase / cns / nicotinamide | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of cellular extravasation / regulation of superoxide metabolic process / regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of integrin-mediated signaling pathway / phosphorus-oxygen lyase activity / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / uropod / Nicotinate metabolism / regulation of cell-matrix adhesion / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase ...regulation of cellular extravasation / regulation of superoxide metabolic process / regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of integrin-mediated signaling pathway / phosphorus-oxygen lyase activity / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / uropod / Nicotinate metabolism / regulation of cell-matrix adhesion / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / humoral immune response / side of membrane / specific granule membrane / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / regulation of calcium-mediated signaling / regulation of actin cytoskeleton organization / transferase activity / regulation of inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yamamoto-Katayama, S. / Ariyoshi, M. / Ishihara, K. / Hirano, T. / Jingami, H. / Morikawa, K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic studies on human BST-1/CD157 with ADP-ribosyl cyclase and NAD glycohydrolase activities. 著者: Yamamoto-Katayama, S. / Ariyoshi, M. / Ishihara, K. / Hirano, T. / Jingami, H. / Morikawa, K. #1: ![]() タイトル: Site-directed removal of N-glycosylation sites in BST-1/CD157: effects on molecular and functional heterogeneity. 著者: Yamamoto-Katayama, S. / Sato, A. / Ariyoshi, M. / Suyama, M. / Ishihara, K. / Hirano, T. / Nakamura, H. / Morikawa, K. / Jingami, H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 934.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 947.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30172.182 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular region / 変異: N34D, N63T, N116A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG4000, citrate, zinc sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月21日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. all: 16611 / Num. obs: 16611 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 32.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 32.4 / Num. unique all: 1495 / % possible all: 84.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.3128 Å2 / ksol: 0.355606 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→19.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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