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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1irx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of class I lysyl-tRNA synthetase | ||||||
要素 | lysyl-tRNA synthetase | ||||||
キーワード | LIGASE / beta sandwitch / zinc-binding structure / Rossmann fold / alpha-helix cage / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Nureki, O. / Terada, T. / Ishitani, R. / Ambrogelly, A. / Ibba, M. / Soll, D. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002 タイトル: Functional convergence of two lysyl-tRNA synthetases with unrelated topologies. 著者: Terada, T. / Nureki, O. / Ishitani, R. / Ambrogelly, A. / Ibba, M. / Soll, D. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1irx.cif.gz | 220.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1irx.ent.gz | 178 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1irx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1irx_validation.pdf.gz | 377.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1irx_full_validation.pdf.gz | 415.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1irx_validation.xml.gz | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1irx_validation.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/1irx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/1irx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61656.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O57963, lysine-tRNA ligase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9792, 0.9795, 0.9824, 0.9724 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月1日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 41462 / Num. obs: 13821 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.174 / % possible all: 76.2 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 41570 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76.2 % / Rmerge(I) obs: 0.174 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→40 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 15 % / Rfactor all: 0.247 / Rfactor obs: 0.225 / Rfactor Rfree: 0.292 / Rfactor Rwork: 0.225 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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