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- PDB-1irw: CYTOCHROME C ISOZYME 1, REDUCED, MUTANT WITH ASN 52 REPLACED BY A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1irw
タイトルCYTOCHROME C ISOZYME 1, REDUCED, MUTANT WITH ASN 52 REPLACED BY ALA AND CYS 102 REPLACED BY THR
要素CYTOCHROME C
キーワードELECTRON TRANSPORT / HEME PROTEIN / MITOCHONDRION
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Berghuis, A.M. / Brayer, G.D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Mechanistic and structural contributions of critical surface and internal residues to cytochrome c electron transfer reactivity.
著者: Rafferty, S.P. / Guillemette, J.G. / Berghuis, A.M. / Smith, M. / Brayer, G.D. / Mauk, A.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: The Role of a Conserved Internal Water Molecule and its Associated Hydrogen Bond Network in Cytochrome C
著者: Berghuis, A.M. / Guillemette, J.G. / Mclendon, G. / Sherman, F. / Smith, M. / Brayer, G.D.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Mutation of Tyrosine-67 to Phenylalanine in Cytochrome C Significantly Alters the Local Heme Environment
著者: Berghuis, A.M. / Guillemette, J.G. / Smith, M. / Brayer, G.D.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Oxidation State-Dependent Conformational Changes in Cytochrome C
著者: Berghuis, A.M. / Brayer, G.D.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: High-Resolution Refinement of Yeast Iso-1-Cytochrome C and Comparisons with Other Eukaryotic Cytochromes C
著者: Louie, G.V. / Brayer, G.D.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystallization of Yeast Iso-2-Cytochrome C Using a Novel Hair Seeding Technique
著者: Leung, C.J. / Nall, B.T. / Brayer, G.D.
履歴
登録1996年6月27日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7833
ポリマ－12,0711
非ポリマー7132
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.520, 36.520, 137.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C


分子量: 12070.851 Da / 分子数: 1 / 変異: N52A, C102T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ISOZYME 1, REDUCED
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P00044
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.16 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.3 / 手法: unknown / 詳細: macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 Msodium phosphate11
295 %satammonium sulfate11
370 mMsodium dithionite11

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1992
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2 Å / Num. obs: 6933 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROLSQ精密化
IN-HOUSESOFTWAREデータ削減
精密化解像度: 2→6 Å / σ(F): 2
詳細: PROLSQ STANDARD SET OF IDEAL BOND LENGTHS ETC. (I.E. VERY SIMILAR TO ENGH & HUBER) ESTIMATED COORD. ERROR 0.18 ANGSTROMS FINAL RMS COORD. SHIFT 0.27 ANGSTROMS
Rfactor反射数
Rwork0.183 -
obs-4146
原子変位パラメータBiso mean: 17.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数848 0 48 48 944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0440.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0520.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.631.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.4222.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.3832
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.6173
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1960.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2190.25
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2070.25
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2450.25
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.62.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor25.919
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor19.115
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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