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万見
- PDB-1irj: Crystal Structure of the MRP14 complexed with CHAPS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1irj
タイトルCrystal Structure of the MRP14 complexed with CHAPS
要素Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Calgranulin B / MRP14 / S100A9 / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


S100A9 complex / regulation of integrin biosynthetic process / sequestering of zinc ion / calprotectin complex / neutrophil aggregation / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / modulation of process of another organism / autocrine signaling / Toll-like receptor 4 binding / chronic inflammatory response ...S100A9 complex / regulation of integrin biosynthetic process / sequestering of zinc ion / calprotectin complex / neutrophil aggregation / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / modulation of process of another organism / autocrine signaling / Toll-like receptor 4 binding / chronic inflammatory response / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / Metal sequestration by antimicrobial proteins / leukocyte migration involved in inflammatory response / RAGE receptor binding / Regulation of TLR by endogenous ligand / astrocyte development / MyD88 deficiency (TLR2/4) / arachidonic acid binding / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of cytoskeleton organization / antioxidant activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / endothelial cell migration / defense response to fungus / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / neutrophil chemotaxis / autophagy / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of inflammatory response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / calcium-dependent protein binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ER-Phagosome pathway / positive regulation of cell growth / microtubule binding / secretory granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / response to lipopolysaccharide / cytoskeleton / defense response to bacterium / inflammatory response / innate immune response / apoptotic process / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. ...S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Itou, H. / Yao, M. / Watanabe, N. / Nishihira, J. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of human MRP14 (S100A9), a Ca(2+)-dependent regulator protein in inflammatory process.
著者: Itou, H. / Yao, M. / Fujita, I. / Watanabe, N. / Suzuki, M. / Nishihira, J. / Tanaka, I.
履歴
登録2001年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
B: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
C: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
D: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
E: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
F: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
G: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
H: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,16328
ポリマ－105,0638
非ポリマー3,10120
水2,522140
1
A: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
B: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0417
ポリマ－26,2662
非ポリマー7755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
2
C: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
D: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6568
ポリマ－26,2662
非ポリマー1,3906
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
3
E: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
F: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4266
ポリマ－26,2662
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area9810 Å2
手法PISA
4
G: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
H: Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0417
ポリマ－26,2662
非ポリマー7755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.59, 178.44, 61.23
Angle α, β, γ (deg.)90, 113.17, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Migration Inhibitory Factor-Related Protein 14


分子量: 13132.824 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06702
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 6000, CHAPS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: Itou, H., (2001) Acta Crystallogr, D57, 1174. / PH range low: 8.2 / PH range high: 7.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mM1dropCaCl2
21 mMdithiothreitol1drop
310 mg/mlprotein1drop
40.1 MTris-HCl1reservoirpH7.8-8.2
51-2 %(w/v)PEG60001reservoir
60.25-1.75 %(w/v)CHAPS1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH AND SE-MAD WAVELENGTHS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 65554 / Num. obs: 65554 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 55.4 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 9583 / Rsym value: 0.339 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 251869 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Num. unique obs: 9583 / Num. measured obs: 37031 / Rmerge(I) obs: 0.339

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXS位相決定
SHARP位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→10 Å / Isotropic thermal model: Isotrophic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 6497 10 %RAMDOM
Rwork0.245 ---
all-65101 --
obs-64979 99.8 %-
溶媒の処理Bsol: 1.393 Å2 / ksol: 0.943 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.804 Å20 Å2-2.535 Å2
2--6.575 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5587 0 144 140 5871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.228
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.99
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.097
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.971
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.219
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.603
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 688 10.5 %
Rwork0.2899 5806 -
obs-6494 89 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CPS.PARAMCPS.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.2449 / Rfactor Rfree: 0.2736
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.99
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.319 / % reflection Rfree: 10.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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