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- PDB-1ipa: CRYSTAL STRUCTURE OF RNA 2'-O RIBOSE METHYLTRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ipa
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RNA 2'-O RIBOSE METHYLTRANSFERASE
要素RNA 2'-O-RIBOSE METHYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / deep trefoil knot / Rossmann fold / eL30-like fold / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA methyltransferase activity / RNA processing / methylation / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA 2-O ribose methyltransferase, substrate binding / : / MRM3-like substrate binding domain / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / : / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / Ribosomal protein L30/S12 / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot ...RNA 2-O ribose methyltransferase, substrate binding / : / MRM3-like substrate binding domain / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / : / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / Ribosomal protein L30/S12 / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nureki, O. / Shirouzu, M. / Hashimoto, K. / Ishitani, R. / Terada, T. / Tamakoshi, M. / Oshima, T. / Chijimatsu, M. / Takio, K. / Vassylyev, D.G. ...Nureki, O. / Shirouzu, M. / Hashimoto, K. / Ishitani, R. / Terada, T. / Tamakoshi, M. / Oshima, T. / Chijimatsu, M. / Takio, K. / Vassylyev, D.G. / Shibata, T. / Inoue, Y. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: An enzyme with a deep trefoil knot for the active-site architecture.
著者: Nureki, O. / Shirouzu, M. / Hashimoto, K. / Ishitani, R. / Terada, T. / Tamakoshi, M. / Oshima, T. / Chijimatsu, M. / Takio, K. / Vassylyev, D.G. / Shibata, T. / Inoue, Y. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2001年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA 2'-O-RIBOSE METHYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0171
ポリマ－30,0171
非ポリマー00
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.729, 66.729, 125.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 RNA 2'-O-RIBOSE METHYLTRANSFERASE / RRMH


分子量: 30017.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: PET16B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7SID4, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.7M ammonium sulfate, 1.7% 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
26.0 %dioxane1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU10.97951, 0.979242, 0.982049, 0.975887
シンクロトロンSPring-8 BL44B220.97951, 0.979242, 0.982049, 0.975887
検出器
タイプID検出器
MARRESEARCH1CCD
MARRESEARCH2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979511
20.9792421
30.9820491
40.9758871
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 130341 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. obs: 12905 / Num. measured all: 130341
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→19 Å / σ(F): 3 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.286 579 RANDOM
Rwork0.226 --
obs-130341 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1983 0 0 151 2134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.08
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 19 Å / Num. reflection obs: 11584 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.226
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.08
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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