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- PDB-1io4: CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN-CBFBETA COR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1io4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN-CBFBETA CORE DOMAIN HETERODIMER AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER
要素
  • (CSF-1R PROMOTER) x 2
  • CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
  • CORE-BINDING FACTOR, BETA SUBUNIT
  • RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION FACTOR / BZIP / RUNX / RUNT / C/EBP / CBF / CORE BINDING FACTOR / AML1 / AML / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates p14-ARF / Transcriptional regulation by RUNX2 / RUNX2 regulates bone development / C/EBP complex / granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / CHOP-C/EBP complex / regulation of hair follicle cell proliferation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / Organic cation transport ...RUNX3 regulates p14-ARF / Transcriptional regulation by RUNX2 / RUNX2 regulates bone development / C/EBP complex / granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / CHOP-C/EBP complex / regulation of hair follicle cell proliferation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / Organic cation transport / positive regulation of progesterone secretion / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of granulocyte differentiation / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / core-binding factor complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of RUNX3 expression and activity / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of cell maturation / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / hepatocyte proliferation / lymphocyte differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / neuron fate commitment / regulation of osteoclast differentiation / Estrogen-dependent gene expression / mammary gland epithelial cell differentiation / myeloid cell differentiation / condensed chromosome, centromeric region / myeloid progenitor cell differentiation / regulation of dendritic cell differentiation / definitive hemopoiesis / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / embryonic hemopoiesis / mammary gland epithelial cell proliferation / histone acetyltransferase binding / hair follicle morphogenesis / positive regulation of interleukin-4 production / behavioral response to pain / regulation of cell differentiation / ubiquitin-like protein ligase binding / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / hemopoiesis / Transcriptional Regulation by VENTX / basement membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / regulation of signal transduction / neuron development / embryonic placenta development / positive regulation of fat cell differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / chondrocyte differentiation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of osteoblast differentiation / brown fat cell differentiation / negative regulation of T cell proliferation / response to retinoic acid / ovarian follicle development / cell maturation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / response to endoplasmic reticulum stress / ossification / liver development / skeletal system development / central nervous system development / acute-phase response / liver regeneration / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to amino acid stimulus / neuron differentiation / chromatin DNA binding / kinase binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear matrix / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of granulopoiesis / osteoblast differentiation / protein polyubiquitination / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP)
類似検索 - 分子機能
Polyomavirus Enhancer Binding Protein 2; Chain: A; / Core binding factor, beta subunit / : / CCAAT/enhancer-binding protein, chordates / Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain ...Polyomavirus Enhancer Binding Protein 2; Chain: A; / Core binding factor, beta subunit / : / CCAAT/enhancer-binding protein, chordates / Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Immunoglobulin-like - #720 / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / CCAAT/enhancer-binding protein beta / Runt-related transcription factor 1 / Core-binding factor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Tahirov, T.H. / Ogata, K.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Structural analyses of DNA recognition by the AML1/Runx-1 Runt domain and its allosteric control by CBFbeta.
著者: Tahirov, T.H. / Inoue-Bungo, T. / Morii, H. / Fujikawa, A. / Sasaki, M. / Kimura, K. / Shiina, M. / Sato, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Ishii, S. / Ogata, K.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analyses of Quaternary, Ternary and Binary Protein-DNA Complexes with Involvement of AML1/Runx-1/Cbfalpha Runt Domain, Cbfbeta and the C/EBPbeta bZIP Region
著者: Tahirov, T.H. / Inoue, T. / Sasaki, M. / Shiina, M. / Kimura, K. / Sato, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Kamiya, N. / Ogata, K.
履歴
登録2001年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: CSF-1R PROMOTER
F: CSF-1R PROMOTER
A: CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
B: CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
C: RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
D: CORE-BINDING FACTOR, BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6589
ポリマ－65,0676
非ポリマー5913
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.108, 163.600, 109.326
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#1: DNA鎖 CSF-1R PROMOTER


分子量: 8018.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 CSF-1R PROMOTER


分子量: 7956.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 3種, 4分子 ABCD

#3: タンパク質 CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA / C/EBP BETA


分子量: 9381.868 Da / 分子数: 2 / Fragment: BZIP DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PAR2156 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17676
#4: タンパク質 RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1 / CORE-BINDING FACTOR / ALPHA B SUBUNIT / PEPB2-ALPHA B


分子量: 13715.696 Da / 分子数: 1 / Fragment: RUNT DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PAR2156 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03347
#5: タンパク質 CORE-BINDING FACTOR, BETA SUBUNIT / PEBP2-BETA / CBF-BETA


分子量: 16613.648 Da / 分子数: 1 / Fragment: CORE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PAR2156 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08024

-
非ポリマー , 2種, 11分子

#6: 化合物 ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.9 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M potassium chloride, 0.01 M magnesium chloride, 0.01 M DTT, 4.5% V/V PEG 8000, 1% V/V glycerol, 1% V/V MPD, 0.05 M MES buffer pH 5.6, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1KCl11
2MgCl211
3glycerol11
4MPD11
5DTT11
6PEG 800011
7MES11
8KCl12
9MgCl212
10MPD12
結晶化
*PLUS
詳細: Tahirov, T.H., (2001) Acta Crystallogr., D57, 850.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein-DNA solution1drop
20.1 M1reservoirKCl
30.01 M1reservoirMgCl2
410 %(v/v)PEG4001reservoir
50.05 MMES1reservoir
61
71
81
91
101

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: THREE WAVELENGTH FROM GOLD DERIVATIVE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 66989 / Num. obs: 21113 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.173 % / Biso Wilson estimate: 45.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 6.2 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 3.246 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 37.2 / % possible all: 90.8
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 66989

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.9位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 461658.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 1038 4.9 %RANDOM
Rwork0.247 ---
all-21111 --
obs-21111 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25 Å2 / ksol: 0.198 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 82.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-29.96 Å20 Å20 Å2
2---15.3 Å20 Å2
3----14.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.45 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3126 1060 3 8 4197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it14.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it18.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it20.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it23.662.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.464 150 4.6 %
Rwork0.447 3090 -
obs--88.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.247
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 82.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.464 / % reflection Rfree: 4.6 % / Rfactor Rwork: 0.447

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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