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万見
- PDB-1io1: CRYSTAL STRUCTURE OF F41 FRAGMENT OF FLAGELLIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1io1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF F41 FRAGMENT OF FLAGELLIN
要素PHASE 1 FLAGELLIN
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / beta-folium / flagellin
機能・相同性
機能・相同性情報


TLR5 cascade / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / NFkB and MAPK activation mediated by TRAF6 / The IPAF inflammasome / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
f41 fragment of flagellin, middle domain / f41 fragment of flagellin, middle domain / f41 fragment of flagellin, C-terminal domain / f41 fragment of flagellin, C-terminal domain / : / Flagellin, barrel domain / f41 fragment of flagellin, N-terminal domain / f41 fragment of flagellin, N-terminal domain / Flagellin D3 / Flagellin D3 domain ...f41 fragment of flagellin, middle domain / f41 fragment of flagellin, middle domain / f41 fragment of flagellin, C-terminal domain / f41 fragment of flagellin, C-terminal domain / : / Flagellin, barrel domain / f41 fragment of flagellin, N-terminal domain / f41 fragment of flagellin, N-terminal domain / Flagellin D3 / Flagellin D3 domain / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / Beta Complex / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Samatey, F.A. / Imada, K. / Nagashima, S. / Vondervisz, F. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Namba, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Structure of the bacterial flagellar protofilament and implications for a switch for supercoiling.
著者: F A Samatey / K Imada / S Nagashima / F Vonderviszt / T Kumasaka / M Yamamoto / K Namba /
要旨: The bacterial flagellar filament is a helical propeller constructed from 11 protofilaments of a single protein, flagellin. The filament switches between left- and right-handed supercoiled forms when ...The bacterial flagellar filament is a helical propeller constructed from 11 protofilaments of a single protein, flagellin. The filament switches between left- and right-handed supercoiled forms when bacteria switch their swimming mode between running and tumbling. Supercoiling is produced by two different packing interactions of flagellin called L and R. In switching from L to R, the intersubunit distance ( approximately 52 A) along the protofilament decreases by 0.8 A. Changes in the number of L and R protofilaments govern supercoiling of the filament. Here we report the 2.0 A resolution crystal structure of a Salmonella flagellin fragment of relative molecular mass 41,300. The crystal contains pairs of antiparallel straight protofilaments with the R-type repeat. By simulated extension of the protofilament model, we have identified possible switch regions responsible for the bi-stable mechanical switch that generates the 0.8 A difference in repeat distance.
履歴
登録2000年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHASE 1 FLAGELLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3521
ポリマ－41,3521
非ポリマー00
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.750, 36.440, 118.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PHASE 1 FLAGELLIN


分子量: 41351.969 Da / 分子数: 1 / 断片: F41 L-TYPE (RESIDUES 54-451) / 変異: G426A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: SJW 1660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06179
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG 6000, NaCl, Glycerol, Iso-Propanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
26 %PEG60001reservoir
312 %glycerol1reservoir
43-6 %isopropanol1reservoir
550-75 mM1reservoirNaCl
620 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月11日
放射モノクロメーター: Diamond 111 + Germanium 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→31.6 Å / Num. all: 121314 / Num. obs: 121314 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 21.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / % possible all: 97
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
X-PLOR3.851精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→10 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.266 2467 random
Rwork0.234 --
all-34961 -
obs-29866 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2880 0 0 354 3234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.523
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.09 Å / Rfactor Rfree: 0.308 / Rfactor Rwork: 0.309 / Num. reflection Rwork: 3615

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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