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万見
- PDB-1imh: TonEBP/DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1imh
タイトルTonEBP/DNA COMPLEX
要素
  • 5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*G)-3'
  • NUCLEAR FACTOR OF ACTIVATED T CELLS 5
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / BETA BARREL / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / DNA ENCIRCLEMENT / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / R-loop processing / calcineurin-NFAT signaling cascade / cellular hyperosmotic response / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / cellular response to cytokine stimulus / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription regulator complex ...regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / R-loop processing / calcineurin-NFAT signaling cascade / cellular hyperosmotic response / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / cellular response to cytokine stimulus / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear factor of activated T-cells 5 / Nuclear factor of activated T cells (NFAT) / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors ...Nuclear factor of activated T-cells 5 / Nuclear factor of activated T cells (NFAT) / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear factor of activated T-cells 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Stroud, J.C. / Lopez-Rodriguez, C. / Rao, A. / Chen, L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure of a TonEBP-DNA complex reveals DNA encircled by a transcription factor.
著者: Stroud, J.C. / Lopez-Rodriguez, C. / Rao, A. / Chen, L.
履歴
登録2001年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*G)-3'
B: 5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3'
C: NUCLEAR FACTOR OF ACTIVATED T CELLS 5
D: NUCLEAR FACTOR OF ACTIVATED T CELLS 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4434
ポリマ－71,4434
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.568, 95.368, 158.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*G)-3'


分子量: 4657.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid Phase DNA Synthesis
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3'


分子量: 4518.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid Phase DNA Synthesis
#3: タンパク質 NUCLEAR FACTOR OF ACTIVATED T CELLS 5 / NF-AT5 / TonEBP


分子量: 31133.607 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA BINDING REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFAT5 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: O94916

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3000, SODIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE, BIS-TRIS PROPANE, SODIUM AZIDE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 300011
2NaCl11
3MgCl211
4BIS-TRIS PROPANE11
5SODIUM AZIDE11
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMbis-Tris-BTP-HCl1reservoirpH6.6
2100 mM1reservoirNaCl
33-6 %(w/v)PEG30001reservoir
410 mM1reservoirMgCl2
50.2-0.4 mMprotein1drop
610 mMHEPES1droppH7.5
71 mMdithiothreitol1drop
8100 mM1dropNaCl

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-BM-C11
シンクロトロンAPS 14-BM-D20.9622
回転陽極OTHER31.54
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2000年9月12日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2000年11月15日Yale Mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.96221
31.541
反射解像度: 2.85→30 Å / Num. all: 21763 / Num. obs: 20432 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.85→2.93 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / Num. unique all: 1757 / Rsym value: 0.676 / % possible all: 99.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: pdb entry 1a02

1a02


解像度: 2.86→29.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 304938.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 1358 7.2 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.244 18876 87.5 %-
all-20432 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.26 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 69.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2 Å20 Å20 Å2
2--16.33 Å20 Å2
3----11.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4368 609 0 0 4977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 150 6.8 %
Rwork0.363 2054 -
obs--61.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor Rfree: 0.29
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 69.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.96
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.392 / % reflection Rfree: 6.8 % / Rfactor Rwork: 0.363 / Rfactor obs: 0.363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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