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- PDB-1ilv: Crystal Structure Analysis of the TM107 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ilv
タイトルCrystal Structure Analysis of the TM107
要素STATIONARY-PHASE SURVIVAL PROTEIN SURE HOMOLOG
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / new fold / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-nucleotidase activity / exopolyphosphatase activity / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stationary-phase Survival Protein Sure Homolog; Chain: A, / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / Survival protein SurE / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / SurE-like phosphatase/nucleotidase superfamily / Survival protein SurE / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-nucleotidase SurE
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, R. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Beasley, S. / Evdokimova, E. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structure of Thermotoga maritima stationary phase survival protein SurE: a novel acid phosphatase.
著者: Zhang, R.G. / Skarina, T. / Katz, J.E. / Beasley, S. / Khachatryan, A. / Vyas, S. / Arrowsmith, C.H. / Clarke, S. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Savchenko, A.
履歴
登録2001年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STATIONARY-PHASE SURVIVAL PROTEIN SURE HOMOLOG
B: STATIONARY-PHASE SURVIVAL PROTEIN SURE HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2462
ポリマ－57,2462
非ポリマー00
水4,540252
1
A: STATIONARY-PHASE SURVIVAL PROTEIN SURE HOMOLOG

A: STATIONARY-PHASE SURVIVAL PROTEIN SURE HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2462
ポリマ－57,2462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area6760 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area20290 Å2
手法PISA, PQS
2
B: STATIONARY-PHASE SURVIVAL PROTEIN SURE HOMOLOG

B: STATIONARY-PHASE SURVIVAL PROTEIN SURE HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2462
ポリマ－57,2462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA, PQS
3
A: STATIONARY-PHASE SURVIVAL PROTEIN SURE HOMOLOG

A: STATIONARY-PHASE SURVIVAL PROTEIN SURE HOMOLOG

B: STATIONARY-PHASE SURVIVAL PROTEIN SURE HOMOLOG

B: STATIONARY-PHASE SURVIVAL PROTEIN SURE HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,4924
ポリマ－114,4924
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z+1/31
crystal symmetry operation6_655-x+1,-x+y,-z+1/31
Buried area16080 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area37840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.522, 115.522, 78.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 STATIONARY-PHASE SURVIVAL PROTEIN SURE HOMOLOG / SurE protein / TM107


分子量: 28622.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96112
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ammonium sulphate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14.5 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris-HCl1reservoir
31.75 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793,0.9791,0.9639
検出器タイプ: SBC-1 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97911
30.96391
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 41136 / Num. obs: 41136 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 4052 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 79278 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 328134

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
CNS精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: wARP autotraced model

解像度: 2→46.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 295098.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: used mlhl refinement target in CNS package
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 3681 4.9 %RANDOM
Rwork0.244 ---
all-79278 --
obs-74997 94.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.62 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å20.25 Å20 Å2
2---1.97 Å20 Å2
3---3.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3933 0 0 252 4185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 504 4.5 %
Rwork0.33 10666 -
obs--84.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.244
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.341 / % reflection Rfree: 4.5 % / Rfactor Rwork: 0.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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