PDB-1ilo: NMR structure of a thioredoxin, MtH895, from the archeon Methanob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ilo

タイトル

NMR structure of a thioredoxin, MtH895, from the archeon Methanobacterium thermoautotrophicum strain delta H.

要素

conserved hypothetical protein MtH895

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / beta-alpha-beta-alpha-beta-beta-alpha motif / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-disulfide reductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics

データ登録者

Bhattacharyya, S. / Habibi-Nazhad, B. / Slupsky, C.M. / Sykes, B.D. / Wishart, D.S. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Identification of a novel archaebacterial thioredoxin: determination of function through structure.
著者: Bhattacharyya, S. / Habibi-Nazhad, B. / Amegbey, G. / Slupsky, C.M. / Yee, A. / Arrowsmith, C. / Wishart, D.S.

履歴

登録	2001年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ilo.cif.gz	500.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ilo.ent.gz	414.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ilo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/1ilo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/1ilo	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2gbn-d 1ttz-d 1yu7-d 2gbm-3 2rjy-d 1teg-1 2rjx-2 1wlz-2 1bxy-1 1eo0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: TT15

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein MtH895

8.47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	21 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #14	closest to the average

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein MtH895 分子量: 8466.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 生物種: Methanothermobacter thermautotrophicus / 株: delta H / 遺伝子: MtH895 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O26981, phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin)

#1: タンパク質

conserved hypothetical protein MtH895

分子量: 8466.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
生物種: Methanothermobacter thermautotrophicus / 株: delta H / 遺伝子: MtH895 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O26981, phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin)

-
実験

実験	手法: 溶液NMR

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1mM MtH895 U-15N,13C;20mM phosphate buffer pH 7; 300mM NaCl;	90% H2O/10% D2O
2	1 mM MtH895 U-15N; 20 mM phosphate buffer pH 7; 300 mM NaCl	90% H2O/10% D2O

試料状態

イオン強度: 300 mM NaCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.851	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.851	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1010 restraints, 862 are NOE-derived distance constraints, 102 dihedral angle restraints,46 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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関連情報:EMDBヘッダ

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