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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1il5 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE (DDP) | ||||||
要素 | RICIN A CHAIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE / STRUCTURE-BASED DESIGN / TOXIN-INHIBITOR COMPLEX / GLYCOSIDASE / RIBOSOME-INHIBITING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ricinus communis (トウゴマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Miller, D.J. / Ravikumar, K. / Shen, H. / Suh, J.-K. / Kerwin, S.M. / Robertus, J.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2002 タイトル: Structure-based design and characterization of novel platforms for ricin and shiga toxin inhibition. 著者: Miller, D.J. / Ravikumar, K. / Shen, H. / Suh, J.K. / Kerwin, S.M. / Robertus, J.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1il5.cif.gz | 112.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1il5.ent.gz | 88.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1il5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1il5_validation.pdf.gz | 455.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1il5_full_validation.pdf.gz | 464.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1il5_validation.xml.gz | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1il5_validation.cif.gz | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/1il5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/1il5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29936.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase #2: 化合物 | ChemComp-DDP / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9 詳細: PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Mlsna, D., (1993) Protein Sci., 2, 429. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月12日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE FOCUSSING MIRRORS (NI & PT) + NI FILTER プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 12362 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 7.43 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.56 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / % possible all: 83.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 30838 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.68 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1RTC 解像度: 2.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor obs: 0.225 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |