PDB-1iku: myristoylated recoverin in the calcium-free state, NMR, 22 structures

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1iku

タイトル

myristoylated recoverin in the calcium-free state, NMR, 22 structures

要素

RECOVERIN

キーワード

CALCIUM-BINDING PROTEIN / CALCIUM-MYRISTOYL SWITCH / CALCUIM-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / regulation of calcium ion transport / phototransduction / photoreceptor outer segment / regulation of signal transduction / photoreceptor inner segment / visual perception / perikaryon / calcium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

溶液NMR

データ登録者

Tanaka, T. / Ames, J.B. / Harvey, T.S. / Stryer, L. / Ikura, M.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Sequestration of the membrane-targeting myristoyl group of recoverin in the calcium-free state.
著者: Tanaka, T. / Ames, J.B. / Harvey, T.S. / Stryer, L. / Ikura, M.

履歴

登録	1996年1月18日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1996年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1iku.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1iku.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1iku.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1iku_validation.pdf.gz	375.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1iku_full_validation.pdf.gz	623.4 KB	表示
XML形式データ	1iku_validation.xml.gz	108 KB	表示
CIF形式データ	1iku_validation.cif.gz	133 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/1iku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/1iku	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6fpc-2 6d85-3 4udm-d 1k4j-d 4qgo-2 2nrk-d 5o1t-d 3uxm-1 3d6s-3 4kfr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#18 - 2001年6月
ミオシン (Myosin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RECOVERIN

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	22 / -
代表モデル

#1: タンパク質	RECOVERIN 分子量: 23235.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: RETINA / Cell: ROD / プラスミド: PTREC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21457
#2: 化合物	ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₂
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 溶液NMR

-
試料調製

結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	2.1	モデル構築
X-PLOR	2.1	精密化
X-PLOR	2.1	位相決定

NMR software

名称:

X-PLOR / バージョン: 2.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 22

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関連情報:EMDBヘッダ

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