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万見
- PDB-1ikt: LIGANDED STEROL CARRIER PROTEIN TYPE 2 (SCP-2) LIKE DOMAIN OF HUM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ikt
タイトルLIGANDED STEROL CARRIER PROTEIN TYPE 2 (SCP-2) LIKE DOMAIN OF HUMAN MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE 2 (MFE-2)
要素ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / alfa-beta fold / protein-Triton X-100 complex / hydrophobic tunnel / exposed peroxisomal targeting signal type 1 (PTS1)
機能・相同性
機能・相同性情報


3alpha,7alpha,12alpha-trihydroxy-5beta-cholest-24-enoyl-CoA hydratase / 3alpha,7alpha,12alpha-trihydroxy-5beta-cholest-24-enoyl-CoA hydratase activity / very long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / TYSND1 cleaves peroxisomal proteins / medium-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / : / (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / enoyl-CoA hydratase 2 / 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity ...3alpha,7alpha,12alpha-trihydroxy-5beta-cholest-24-enoyl-CoA hydratase / 3alpha,7alpha,12alpha-trihydroxy-5beta-cholest-24-enoyl-CoA hydratase activity / very long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / TYSND1 cleaves peroxisomal proteins / medium-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / : / (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / enoyl-CoA hydratase 2 / 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / very long-chain fatty acid metabolic process / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / Sertoli cell development / enoyl-CoA hydratase activity / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / peroxisomal membrane / estrogen metabolic process / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / androgen metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / isomerase activity / Peroxisomal protein import / osteoblast differentiation / peroxisome / protein homodimerization activity / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain / : / SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain ...: / MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain / : / SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / HotDog domain superfamily / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Haapalainen, A.M. / van Aalten, D.M.F. / Glumoff, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the liganded SCP-2-like domain of human peroxisomal multifunctional enzyme type 2 at 1.75 A resolution.
著者: Haapalainen, A.M. / van Aalten, D.M. / Merilainen, G. / Jalonen, J.E. / Pirila, P. / Wierenga, R.K. / Hiltunen, J.K. / Glumoff, T.
履歴
登録2001年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1034
ポリマ－13,2641
非ポリマー8393
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.474, 50.028, 62.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4 / HUMAN MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE 2 / MFE-2


分子量: 13264.468 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, Residues 618-736 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD17B4 / プラスミド: pET3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P51659, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-OXN / OXTOXYNOL-10 / ALPHA-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)PHENYL]-OMEGA-HYDROXYPOLY(OXY-1,2-ETHANEDIYL) / TRITON X-100 / 29-[4-(1,1,3,3-テトラメチルブチル)フェノキシ]-3,6,9,12,15,18,21,24,27-ノナオ(以下略)


分子量: 646.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H62O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: ammonium sulfate, sodium chloride, Triton X-100, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.30 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMcitric acid1reservoirpH5.6
3200 mM1reservoirNaCl
42.7 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月16日 / 詳細: Premirror, Bent mirror monochromator
放射モノクロメーター: Double crystal focussing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 11659 / Num. obs: 11659 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1132 / Rsym value: 0.259 / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.1 % / Num. unique obs: 1132

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1C44

1c44


解像度: 1.75→18 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: R-free / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 495 4.2 %random
Rwork0.192 ---
all-11554 --
obs-11554 --
原子変位パラメータBiso mean: 30.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数898 0 35 126 1059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.509
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.507
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.087
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.82 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 60 4.7 %
Rwork0.225 1196 -
obs--95.2 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 18 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.2 % / Rfactor obs: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.3 Å2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.278 / % reflection Rfree: 4.7 % / Rfactor Rwork: 0.225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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