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万見
- PDB-1ikk: Intrinsic Bending and Deformability at the T-A step of CCTTTAAAGG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ikk
タイトルIntrinsic Bending and Deformability at the T-A step of CCTTTAAAGG: A Comparative Analysis of T-A and A-T steps within A-tracts
要素5'-D(*CP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*G)-3'
キーワードDNA / B-DNA double helix / A-tract containing a T-A step
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Mack, D.R. / Chiu, T.K. / Dickerson, R.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Intrinsic bending and deformability at the T-A step of CCTTTAAAGG: a comparative analysis of T-A and A-T steps within A-tracts.
著者: Mack, D.R. / Chiu, T.K. / Dickerson, R.E.
履歴
登録2001年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1856
ポリマ－6,0882
非ポリマー974
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.558, 38.737, 32.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*G)-3'


分子量: 3044.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: It was synthesized on a Eppendorf ECOSYN D300 Synthesizer
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Spermine-HCL, Mg(OAc)2, MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Spermine-HCl11
2Mg(OAc)211
3MPD11
4MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.86 mMprotein1drop
20.35 mMspermine hydrochloride1drop
35.00 mMmagnesium acetate1drop
412.5 %(v/v)1drop
520 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 116 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日
放射モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. all: 6276 / Num. obs: 6263 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.72 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 11.2 / % possible all: 98
反射
*PLUS
Num. measured all: 65685
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Mean I/σ(I) obs: 11.17

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB entry bdj036

解像度: 1.6→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / σ(I): 2
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.236 627 random
Rwork0.177 --
all0.192 6236 -
obs0.184 5756 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 28 109 541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.32
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / σ(F): 4 / Rfactor obs: 0.1794 / Rfactor Rwork: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_angle_d / Dev ideal: 2.32
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.72 Å / Rfactor Rfree: 0.3228 / Rfactor obs: 0.2518

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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