[日本語] English
万見
- PDB-1ijg: Structure of the Bacteriophage phi29 Head-Tail Connector Protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ijg
タイトルStructure of the Bacteriophage phi29 Head-Tail Connector Protein
要素UPPER COLLAR PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / alpha-helical bundle / RNA binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


viral procapsid / viral portal complex / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral DNA genome packaging / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #30 / Upper collar protein gp10 (connector protein) fold / Upper collar protein gp10 (connector protein) / Bacteriophage PHI-29 conector. Domain 3 / Portal protein Gp10 / Portal protein Gp10 superfamily / Phage Connector (GP10) / Crambin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Beta Barrel ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #30 / Upper collar protein gp10 (connector protein) fold / Upper collar protein gp10 (connector protein) / Bacteriophage PHI-29 conector. Domain 3 / Portal protein Gp10 / Portal protein Gp10 superfamily / Phage Connector (GP10) / Crambin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Simpson, A.A. / Leiman, P.G. / Tao, Y. / He, Y. / Badasso, M. / Jardine, P.J. / Anderson, D.L. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure determination of the head-tail connector of bacteriophage phi29.
著者: Simpson, A.A. / Leiman, P.G. / Tao, Y. / He, Y. / Badasso, M.O. / Jardine, P.J. / Anderson, D.L. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2001年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UPPER COLLAR PROTEIN
B: UPPER COLLAR PROTEIN
C: UPPER COLLAR PROTEIN
D: UPPER COLLAR PROTEIN
E: UPPER COLLAR PROTEIN
F: UPPER COLLAR PROTEIN
G: UPPER COLLAR PROTEIN
H: UPPER COLLAR PROTEIN
I: UPPER COLLAR PROTEIN
J: UPPER COLLAR PROTEIN
K: UPPER COLLAR PROTEIN
L: UPPER COLLAR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)431,00812
ポリマ－431,00812
非ポリマー00
水13,565753
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70160 Å2
ΔGint-379 kcal/mol
Surface area121290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.753, 171.568, 184.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dodecamer luckily comprising the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質
UPPER COLLAR PROTEIN / CONNECTOR PROTEIN


分子量: 35917.293 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ) / 属: Phi29-like viruses / 遺伝子: 10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04332
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 753 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: MPD, calcium cloride, tris buffer, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
136-40 %MPD11
20.05 M11CaCl2
30.1 MTris-HCl11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月15日 / 詳細: bent conical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: bend cylindrical Ge(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 112772 / Num. obs: 110311 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 58.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 2.9→2.92 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.333 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
冗長度: 3.54 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FOU

1fou


解像度: 2.9→500 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2500 2.27 %Random
Rwork0.224 ---
all0.225 112772 --
obs0.225 110311 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.282 Å20 Å2-9.466 Å2
2---5.561 Å20 Å2
3---15.843 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.363 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25224 0 0 753 25977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21585
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007638
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.92 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 56 2.5 %
Rwork0.324 2183 -
obs-2239 99.6 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 500 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2.27 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 54.2 Å2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.29 / % reflection Rfree: 2.5 % / Rfactor Rwork: 0.324

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る