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万見
- PDB-1ij5: METAL-FREE STRUCTURE OF MULTIDOMAIN EF-HAND PROTEIN, CBP40, FROM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ij5
タイトルMETAL-FREE STRUCTURE OF MULTIDOMAIN EF-HAND PROTEIN, CBP40, FROM TRUE SLIME MOLD
要素PLASMODIAL SPECIFIC LAV1-2 PROTEIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / FOURTY KDA CALCIUM BINDING PROTEIN / CBP40
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasmodial-specific protein LAV1-2
類似検索 - 構成要素
生物種Physarum polycephalum (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Iwasaki, W. / Sasaki, H. / Nakamura, A. / Kohama, K. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Metal-Free and Ca(2+)-Bound Structures of a Multidomain EF-Hand Protein, CBP40, from the Lower Eukaryote Physarum polycephalum
著者: Iwasaki, W. / Sasaki, H. / Nakamura, A. / Kohama, K. / Tanokura, M.
履歴
登録2001年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLASMODIAL SPECIFIC LAV1-2 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1381
ポリマ－37,1381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.4, 64.4, 207.2
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 PLASMODIAL SPECIFIC LAV1-2 PROTEIN


分子量: 37137.617 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 33-355 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Physarum polycephalum (真核生物) / プラスミド: PET21D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14725

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Ammonium sulfate, EDTA, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 詳細: Iwasaki, W., (1999) J.Biochem., 126, 7.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
174 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.6
31.4-1.8 Mammonium sulfate1reservoir
41 mMdithiothreitol1reservoir
510 mMEDTA1reservoir
60.02 %1reservoirNaN3
70.1 MHEPES-NaOH1reservoirpH6.4-7.6

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A11
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
WEISSENBERG1DIFFRACTOMETER1998年1月1日focusing mirrors
RIGAKU RAXIS IIC2IMAGE PLATE1997年1月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.54181
反射解像度: 3→38.1 Å / Num. all: 9795 / Num. obs: 38752 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 2.99→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.337 / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
Num. obs: 9795 / Num. measured all: 38752

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS0.9精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.26 492 random
Rwork0.244 --
all-10301 -
obs-9848 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2364 0 0 0 2364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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