ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
AMoRE | | 位相決定 | CNS | 0.5 | 精密化 | SCALEPACK | | データスケーリング |
|
---|
精密化 | 解像度: 1.86→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 539511.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor![](img/lk-wikipe.gif) | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree![](img/lk-wikipe.gif) | 0.258 | 670 | 9.9 % | RANDOM |
---|
Rwork![](img/lk-wikipe.gif) | 0.211 | - | - | - |
---|
all | - | 7255 | - | - |
---|
obs | - | 6847 | 94.4 % | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.42 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3 |
---|
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.9 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | -1.44 Å2 | 0 Å2 | 1.51 Å2 |
---|
2- | - | -2.05 Å2 | 0 Å2 |
---|
3- | - | - | 3.49 Å2 |
---|
|
---|
Refine analyze | | Free | Obs |
---|
Luzzati coordinate error | 0.28 Å | 0.23 Å |
---|
Luzzati d res low | - | 5 Å |
---|
Luzzati sigma a | 0.32 Å | 0.33 Å |
---|
|
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→20 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 777 | 0 | 3 | 130 | 910 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
---|
X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.013 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d16 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.15 | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 10
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.386 | 67 | 10.7 % |
---|
Rwork | 0.403 | 557 | - |
---|
obs | - | - | 79 % |
---|
|
---|
Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
---|
X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
|
---|
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement |
---|
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor obs: 0.211 |
---|
溶媒の処理 | *PLUS |
---|
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 25.9 Å2 |
---|
拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
---|
X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg16 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.15 | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.386 / % reflection Rfree: 10.7 % / Rfactor Rwork: 0.403 |
---|