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万見
- PDB-1iiu: Chicken plasma retinol-binding protein (RBP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iiu
タイトルChicken plasma retinol-binding protein (RBP)
要素plasma retinol-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RBP / retinol
機能・相同性
機能・相同性情報


yolk plasma / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / yolk / oocyte growth / retinol transport / retinol transmembrane transporter activity / maintenance of gastrointestinal epithelium / eye development / retinal binding ...yolk plasma / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / yolk / oocyte growth / retinol transport / retinol transmembrane transporter activity / maintenance of gastrointestinal epithelium / eye development / retinal binding / response to vitamin A / clathrin-coated vesicle / retinol metabolic process / retinol binding / response to retinoic acid / gluconeogenesis / positive regulation of insulin secretion / response to virus / response to estrogen / glucose homeostasis / protein-containing complex assembly / protein domain specific binding / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Retinol binding protein/Purpurin / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RETINOL / Retinol-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zanotti, G. / Calderone, V. / Berni, R.
引用
ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 2001
タイトル: Structure of Chicken plasma retinol-binding protein
著者: Zanotti, G. / Calderone, V. / Beda, M. / Malpeli, G. / Folli, C. / Berni, R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of the Trigonal Form of Human Plasma Retinol-binding Protein at 2.5 A Resolution
著者: Zanotti, G. / Ottonello, S. / Berni, R. / Monaco, H.L.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1990
タイトル: The bovine plasma retinol-binding protein. Amino acid sequence, interaction with transthyretin, crystallization and preliminary X-ray data.
著者: Berni, R. / Stoppini, M. / Zapponi, M.C. / Meloni, M.L. / Monaco, H.L. / Zanotti, G.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of liganded and unliganded forms of bovine plasma retinol-binding protein
著者: Zanotti, G. / Berni, R. / Monaco, H.L.
#4: ジャーナル: Proteins / 年: 1990
タイトル: Crystallographic Refinement of Human Serum Retinol Binding Protein at 2 Angstroms Resolution
著者: Cowan, S.W. / Newcomer, M.E. / Jones, T.A.
履歴
登録2001年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: plasma retinol-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5043
ポリマ－20,1061
非ポリマー3992
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.064, 53.560, 73.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 plasma retinol-binding protein / PRBP


分子量: 20105.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P41263
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-RTL / RETINOL / レチノ-ル


分子量: 286.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
28 %(v/v)MPD1reservoir
38 mMcadmium acetate1reservoir
420 mMsodium acetate1reservoir
540 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 22515 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(F): 1 / Biso Wilson estimate: 10.9 Å2 / Rsym value: 0.15
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 6664 / % possible obs: 87.8 % / Num. measured all: 22515 / Rmerge(I) obs: 0.12
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.66 Å / % possible obs: 68 % / Num. unique obs: 680 / Rmerge(I) obs: 0.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SAINTデータスケーリング
SAINTデータ削減
AMoRE位相決定
CNX2000.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 282522.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 438 7.5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs-5851 87.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 36.8295 Å2 / ksol: 0.289072 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3---0.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1406 0 22 111 1539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.972.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 55 7.5 %
Rwork0.311 680 -
obs--67.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4RETINOL.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNX / バージョン: 2000.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.972.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.337 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor Rwork: 0.311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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