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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1igf | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF AN ANTIBODY TO A PEPTIDE AND ITS COMPLEX WITH PEPTIDE ANTIGEN AT 2.8 ANGSTROMS | ||||||
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![]() | IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of an antibody to a peptide and its complex with peptide antigen at 2.8 A. 著者: Stanfield, R.L. / Fieser, T.M. / Lerner, R.A. / Wilson, I.A. #1: ![]() タイトル: Preliminary Crystallographic Data and Primary Sequence for Anti-Peptide Fab' B13I2 and its Complex with the C-Helix Peptide from Myohemerythrin 著者: Stura, E.A. / Stanfield, R.L. / Fieser, T.M. / Balderas, R.S. / Smith, L.R. / Lerner, R.A. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 174.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 140.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 8, 95, AND 141 OF THE *L* AND *M* CHAINS AND RESIDUES 149 AND 151 OF THE *H* AND *J* CHAINS ARE CIS PROLINES. | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.246, 0.12614, -0.96103), ベクター: 詳細 | THE TWO FAB' HEAVY CHAINS (RESIDUES 1-227) OF THE ASYMMETRIC UNIT HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS *H* AND *J*. THERE ARE TWO FAB MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT. THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC TRANSFORMATION PRESENTED ON THE *MTRIX* RECORDS BELOW YIELDS APPROXIMATE COORDINATES FOR MOLECULE 2 WHEN APPLIED TO MOLECULE 1 (COORDINATES OF CHAIN *M* FROM CHAIN *L* AND COORDINATES OF CHAIN *J* FROM CHAIN *H*). | |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 24148.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23807.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 糖 | ChemComp-NAG / | 非ポリマーの詳細 | NAG N 901 IS LINKED TO ASN L 26 OF THE FIRST FAB' FRAGMENT IN THE ASYMMETRIC UNIT. BECAUSE DENSITY ...NAG N 901 IS LINKED TO ASN L 26 OF THE FIRST FAB' FRAGMENT IN THE ASYMMETRIC | 配列の詳細 | THE FAB' FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E.KABAT (E.A.KABAT,T.T.WU,M.REID-MILLER,H.M. ...THE FAB' FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.69 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: taken from Stura, E.A. et al(1989). J. Biol. Chem., 264, 15721-15725. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.8→8 Å / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.71 |