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- PDB-1ifa: THREE-DIMENSIONAL CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT MURINE INTERFE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ifa
タイトルTHREE-DIMENSIONAL CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT MURINE INTERFERON-BETA
要素INTERFERON-BETA
キーワードGLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Lewy body formation / negative regulation of mononuclear cell migration / Regulation of IFNA/IFNB signaling / negative regulation of matrix metallopeptidase secretion / type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / chloramphenicol O-acetyltransferase activity / negative regulation of immunoglobulin production / Interferon alpha/beta signaling / negative regulation of T cell differentiation ...negative regulation of Lewy body formation / negative regulation of mononuclear cell migration / Regulation of IFNA/IFNB signaling / negative regulation of matrix metallopeptidase secretion / type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / chloramphenicol O-acetyltransferase activity / negative regulation of immunoglobulin production / Interferon alpha/beta signaling / negative regulation of T cell differentiation / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of blood-brain barrier permeability / negative regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / negative regulation of cell adhesion molecule production / T cell activation involved in immune response / cytokine receptor binding / macrophage activation involved in immune response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cellular response to dsRNA / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of osteoclast differentiation / response to exogenous dsRNA / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / B cell proliferation / cellular response to dexamethasone stimulus / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to interferon-beta / positive regulation of autophagy / antiviral innate immune response / cytokine activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / neuron cellular homeostasis / cellular response to virus / positive regulation of protein localization to nucleus / cytokine-mediated signaling pathway / defense response to virus / adaptive immune response / defense response to bacterium / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / : / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interferon (IFN) type-I family profile. / Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARAGINE / Interferon beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mitsui, Y. / Senda, T. / Matsuda, S. / Kawano, G. / Nakamura, K.T. / Shimizu, H.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1992
タイトル: Three-dimensional crystal structure of recombinant murine interferon-beta.
著者: Senda, T. / Shimazu, T. / Matsuda, S. / Kawano, G. / Shimizu, H. / Nakamura, K.T. / Mitsui, Y.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural, Functional and Evolutionary Implications of the Three-Dimensional Crystal Structure of Murine Interferon-Beta
著者: Mitsui, Y. / Senda, T. / Shimazu, T. / Matsuda, S. / Utsumi, J.
#2: ジャーナル: Proc.Jpn.Acad.,Ser.B / 年: 1990
タイトル: Three-Dimensional Structure of Recombinant Murine Interferon-Beta
著者: Senda, T. / Matsuda, S. / Kurihara, H. / Nakamura, K.T. / Kawano, G. / Shimizu, H. / Mizuno, H. / Mitsui, Y.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: New Crystal Form of Recombinant Murine Interferon-Beta
著者: Matsuda, S. / Senda, T. / Itoh, S. / Kawano, G. / Mizuno, H. / Mitsui, Y.
履歴
登録1991年10月29日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERFERON-BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5522
ポリマ－19,4201
非ポリマー1321
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.400, 71.400, 79.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 INTERFERON-BETA / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 19419.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01575
#2: 化合物 ChemComp-ASN / ASPARAGINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8N2O3
構成要素の詳細AS DEDUCED FROM GENE-MANIPULATING EXPERIMENTS ON THE INTERFERON-ALPHA THE FUNCTIONALLY IMPORTANT ...AS DEDUCED FROM GENE-MANIPULATING EXPERIMENTS ON THE INTERFERON-ALPHA THE FUNCTIONALLY IMPORTANT POLYPEPTIDE SEGMENTS ARE ON THE LOOP AB, ON THE HELIX D, AND ON THE LOOP DE. THESE SEGMENTS ARE SPATIALLY CLOSE TO EACH OTHER AND FORM A HOT AREA WHICH IS MOST PROBABLY THE BINDING SITE TO THE COGNATE RECEPTORS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.22 %
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / pH: 5.3 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 mg/mlprotein1drop
20.02 %sodium azide1drop
314 %dioxane1drop1.0 micro litter
420 %satammonium sulfate1reservoir
550 mMacetate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 8045 / Num. measured all: 37143 / Rmerge(I) obs: 0.0668

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.205 / Rfactor obs: 0.205 / 最高解像度: 2.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数158 0 1 0 159
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 5055 / Rfactor obs: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 0.059

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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