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万見
- PDB-1ier: CUBIC CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE HORSE SPLEEN FERRITIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ier
タイトルCUBIC CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE HORSE SPLEEN FERRITIN
要素FERRITIN
キーワードIRON STORAGE / FERRITIN / APOFERRITIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Granier, T. / Gallois, B. / Dautant, A. / Langlois D'Estaintot, B. / Precigoux, G.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Comparison of the structures of the cubic and tetragonal forms of horse-spleen apoferritin.
著者: Granier, T. / Gallois, B. / Dautant, A. / Langlois d'Estaintot, B. / Precigoux, G.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Structural Investigation of the Complexation Properties between Horse Spleen Apoferritin and Metalloporphyrins
著者: Michaux, M.A. / Dautant, A. / Gallois, B. / Granier, T. / D'Estaintot, B.L. / Precigoux, G.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: A Crystallographic Study of Haem Binding to Ferritin
著者: Precigoux, G. / Yariv, J. / Gallois, B. / Dautant, A. / Courseille, C. / Langlois D'Estaintot, B.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1980
タイトル: Helix Packing and Subunit Conformation in Horse Spleen Apoferritin
著者: Clegg, G.A. / Stansfield, R.F. / Bourne, P.E. / Harrison, P.M.
履歴
登録1996年5月28日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2104
ポリマ－19,8721
非ポリマー3373
水1,964109
1
A: FERRITIN
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)485,03296
ポリマ－476,93824
非ポリマー8,09472
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area96320 Å2
ΔGint-329 kcal/mol
Surface area133720 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)182.900, 182.900, 182.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

CD

21A-202-

CD

31A-203-

CD

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要素

#1: タンパク質 FERRITIN


分子量: 19872.428 Da / 分子数: 1 / 断片: L-CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: SPLEEN / 組織: SPLEEN / 参照: UniProt: P02791
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.0 Mammonium salfate1reservoir
280 mMcadmium sulfate1reservoir
33 mMsodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.901
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年2月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→19.96 Å / Num. obs: 12699 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.26→2.38 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.414 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / Num. measured all: 88762 / Rmerge(I) obs: 0.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR2.1モデル構築
X-PLOR2.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR2.1位相決定
精密化開始モデル: 1HRS

1hrs


解像度: 2.26→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2
詳細: THE THREE C-TERMINAL RESIDUES 172 - 174, SIDE CHAIN ATOMS FOR RESIDUES SER 1, GLU 45, GLU 53, GLU 56, GLU 57, ARG 64, LYS 67, SER 131, GLU 136, SER 157 AND GLN 158 ARE POORLY DEFINED IN THE ...詳細: THE THREE C-TERMINAL RESIDUES 172 - 174, SIDE CHAIN ATOMS FOR RESIDUES SER 1, GLU 45, GLU 53, GLU 56, GLU 57, ARG 64, LYS 67, SER 131, GLU 136, SER 157 AND GLN 158 ARE POORLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY MAP, PROBABLY BECAUSE OF DISORDER. ALL THE REMAINING RESIDUES HAVE WELL DEFINED DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.187 --
obs0.187 11870 94.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 24.6 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1398 0 3 109 1510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.31 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.25 772 -
obs--94.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 2.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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